在非法经营罪的认定中，运输成本一般不应当从非法经营数额中扣除，司法解释也未明确规定可以扣除运输成本。以下从多个角度进行详细分析：

一、非法经营罪的非法经营数额认定

非法经营罪，是指违反国家规定，有下列非法经营行为之一的犯罪：（一）未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或其他限制买卖的物品的；（二）买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件；（三）未经国家有关主管部门批准，非法经营证券、期货或者保险业务的，或者非法从事资金结算业务的；（四）从事其他非法经营活动，扰乱市场秩序，情节严重的行为。在认定非法经营罪时，非法经营数额是一个重要的量刑情节。非法经营数额通常指的是行为人非法经营活动的总金额，它反映了行为人非法经营活动的规模和危害程度。

二、运输成本在非法经营数额中的处理

1. 运输成本的一般处理原则：

   • 在非法经营活动中，运输成本是行为人为了完成非法经营活动而支出的费用。然而，从非法经营数额的认定角度来看，运输成本并不属于非法经营活动的“收入”部分，而是属于“成本”或“支出”部分。
   • 非法经营数额的认定，主要关注的是行为人通过非法经营活动所获得的“收入”或“收益”，而不是其支出的“成本”或“费用”。因此，在一般情况下，运输成本不会从非法经营数额中扣除。

2. 司法解释的相关规定：

   • 目前，我国法律及司法解释并未明确规定在非法经营罪中可以扣除运输成本。非法经营罪的非法经营数额认定，主要依据的是行为人实际销售或提供的商品或服务的金额，而不是其成本或费用。
   • 如果允许扣除运输成本，那么可能会引发一系列问题，如如何确定运输成本的合理性、如何防止行为人通过虚增运输成本来逃避法律制裁等。因此，从司法实践的角度来看，不扣除运输成本更有利于维护市场秩序和公平正义。

三、特殊情况下的考虑

虽然一般情况下运输成本不应当从非法经营数额中扣除，但在某些特殊情况下，如果运输成本与非法经营活动本身紧密相关，且能够明确区分和证明，那么在量刑时可能会作为酌定情节予以考虑。然而，这并不意味着运输成本可以直接从非法经营数额中扣除，而是可能在量刑时作为减轻或从轻处罚的参考因素。

四、法律建议

对于涉嫌非法经营罪的行为人来说，应当明确认识到运输成本在非法经营数额认定中的一般处理原则，即不扣除运输成本。同时，在面临法律指控时，应当积极配合司法机关的调查和审判工作，如实陈述自己的非法经营活动情况，并主动提供相关证据材料。如果认为自己的运输成本等支出与非法经营活动有密切关系且应当予以考虑，可以在量刑阶段向司法机关提出相关申请或意见，但最终是否采纳将由司法机关根据具体情况进行判断。

如有任何关于非法经营罪或其他刑事案件的法律问题，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和辩护策略。