在生产、销售有毒、有害食品罪中，非法所得的计算通常不扣除成本。以下是对此问题的详细分析：

一、法律定性

生产、销售有毒、有害食品罪是一种严重的犯罪行为，其核心在于行为人故意在食品中掺入有毒、有害的非食品原料，或者销售明知掺有此类物质的食品。这种行为直接危害了消费者的身体健康和生命安全，因此法律对其进行了严厉的打击。在计算非法所得时，法律关注的是行为人通过实施犯罪行为所获得的全部不法利益，而非其成本投入。

二、非法所得的计算原则

1. 全额计算原则：

   • 非法所得通常指的是行为人通过实施犯罪行为所获得的全部收入，包括但不限于销售收入、利润等。在计算非法所得时，一般不考虑行为人的成本投入，如原材料采购成本、生产加工成本等。这是因为成本投入是行为人实施犯罪行为所必需的支出，不能作为减轻其刑事责任的理由。

2. 实际获取原则：

   • 非法所得的计算应基于行为人实际获取的金额。这包括行为人通过销售有毒、有害食品所获得的全部款项，无论这些款项是否已经实际到账或是否已经用于其他支出。

三、不扣除成本的理由

1. 法律打击的针对性：

   • 法律对生产、销售有毒、有害食品罪的打击，旨在保护消费者的身体健康和生命安全，维护食品市场的秩序和公平竞争。因此，在计算非法所得时，法律更关注的是行为人通过实施犯罪行为所获得的全部不法利益，而非其成本投入。扣除成本可能会减轻行为人的刑事责任，与法律打击犯罪的目的相悖。

2. 成本投入的非法性：

   • 在生产、销售有毒、有害食品的过程中，行为人的成本投入（如采购有毒、有害的非食品原料）本身就是非法的。因此，这些成本不能作为合法支出进行扣除。如果允许扣除成本，那么行为人可能会通过提高成本投入来降低非法所得的计算基数，从而逃避法律的制裁。

四、实际案例与法律后果

在实际案例中，法院在计算生产、销售有毒、有害食品罪的非法所得时，通常不会扣除行为人的成本投入。例如，在某起案件中，行为人通过销售掺有有毒物质的食品获得了巨额收入。法院在判决时，根据行为人的实际销售收入计算了其非法所得，并依法对其进行了严厉的处罚。这表明，在法律实践中，非法所得的计算通常不扣除成本。

五、建议与警示

作为食品生产和销售的企业或个人，应严格遵守食品安全法律法规，确保食品的质量和安全性。一旦涉嫌生产、销售有毒、有害食品罪，应尽快寻求专业法律帮助，以更好地了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。同时，也应认识到，任何试图通过扣除成本来减轻刑事责任的行为都是不可取的，因为法律对这类犯罪行为的打击是严厉且无情的。

如有任何关于生产、销售有毒、有害食品罪或其他法律问题的疑问，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。