招标文件不接受纸质保函，这一做法的合法性需结合具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、法律法规层面
相关法律法规并未明确规定招标文件必须接受纸质保函：
- 在招标投标活动中，保函作为投标保证金的一种形式，其提交方式（纸质或电子）通常由招标人在招标文件中自行规定。
- 法律法规并未强制要求招标人必须接受纸质保函，也未禁止招标人拒绝接受纸质保函。
招标人需确保招标文件的合法性和合规性：
- 招标人在制定招标文件时，应确保文件内容不违反法律法规的强制性规定，不歧视或排斥潜在投标人。
- 如果招标文件明确规定不接受纸质保函，且该规定不违反法律法规，那么这一做法在法律上是可行的。
二、实际操作层面
电子保函的普及和优势：
- 随着电子技术的发展，电子保函因其便捷性、高效性和安全性而逐渐普及。
- 电子保函可以实时验证、易于管理，且减少了纸质文件的流转和存储成本。
- 因此，招标人可能出于提高效率和降低成本的目的，选择只接受电子保函。
投标人的权益保障：
- 如果招标文件不接受纸质保函，投标人应确保自己能够按照招标文件的要求提交电子保函。
- 投标人也有权对招标文件中的不合理规定提出质疑或投诉，以维护自己的合法权益。
三、建议与注意事项
招标人应谨慎制定招标文件：
- 在制定招标文件时，招标人应充分考虑各种因素，包括投标人的实际情况、市场惯例和法律法规要求。
- 如果决定不接受纸质保函，应在招标文件中明确说明，并给出合理的解释和替代方案。
投标人应仔细阅读招标文件：
- 投标人在参与招标活动前，应仔细阅读招标文件，了解其中的各项规定和要求。
- 如果对招标文件中的规定有疑问或异议，应及时向招标人提出，以免因误解或遗漏而导致投标无效。
寻求法律帮助：
- 如果招标人或投标人在招标活动中遇到法律问题或纠纷，可以寻求专业律师的帮助。
- 作为专业律师，我可以提供关于招标投标活动的法律咨询和法律服务，帮助当事人维护自己的合法权益。
总结来说，招标文件不接受纸质保函的合法性取决于招标文件的具体规定以及这些规定是否违反法律法规。在实际操作中，招标人应谨慎制定招标文件，投标人应仔细阅读并遵守招标文件的规定。如果遇到法律问题或纠纷，可以寻求专业律师的帮助。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。