政府采购招标文件中将原厂质保函作为加分项，在符合相关法律法规和招标文件规定的前提下，是合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律法规层面
《中华人民共和国招标投标法》：该法规定了招标投标活动的基本原则和程序，强调公开、公平、公正和诚实信用。在招标文件中设置合理的评分标准，包括对原厂质保函的加分，并不违反该法的基本原则，只要这种设置不构成对投标人的不合理限制或歧视。
《中华人民共和国政府采购法》：该法规定了政府采购的基本原则、方式和程序。在政府采购中，招标人可以根据采购项目的特点和需要，在招标文件中设定合理的评分标准。将原厂质保函作为加分项，可以视为招标人对采购项目质量保障的一种要求，符合政府采购法中提高资金使用效益、保障采购质量的目标。
二、招标文件规定层面
招标文件的合法性：招标文件是招标人向潜在投标人发出的要约邀请，其内容应当合法、合规。将原厂质保函作为加分项，需要在招标文件中明确说明加分标准、条件和程序，确保所有投标人都能在同等条件下参与竞争。
评分标准的合理性：评分标准应当与采购项目的需求和特点相适应，能够客观、公正地反映投标人的实力和水平。原厂质保函作为加分项，可以视为对投标人提供产品质量保障能力的一种认可，但加分幅度和条件应当合理，避免对投标人造成不合理的负担或歧视。
三、实际操作层面
避免歧视性条款：在设置原厂质保函加分项时，应当避免对特定品牌或供应商的歧视，确保所有投标人都能在同等条件下参与竞争。
明确加分标准和程序：招标文件中应当明确原厂质保函的加分标准、条件和程序，包括质保函的开具机构、有效期、金额等要求，以及加分的具体计算方法和程序。
保障投标人权益：在招标过程中，应当保障投标人的知情权、参与权和申诉权，确保招标活动的公开、公平、公正。如果投标人对原厂质保函加分项有异议，应当提供合理的申诉渠道和程序。
四、可能存在的法律风险及防范
法律风险：如果招标文件中对原厂质保函加分项的设置不合理或存在歧视性条款，可能引发投标人的投诉或诉讼，给招标人带来法律风险和声誉损失。
防范措施：招标人在设置原厂质保函加分项时，应当充分咨询法律专业人士的意见，确保加分项的设置合法、合规、合理。同时，在招标过程中应当加强监督和管理，确保招标活动的公开、公平、公正。
建议：在实际操作中，招标人应当根据采购项目的特点和需要，合理设置原厂质保函加分项，并明确加分标准、条件和程序。如果有任何疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。