工伤赔偿协议中的赔偿款项，主要是支付给因工受伤的职工本人或其近亲属，同时，在特定情况下，用人单位也可能收到部分款项。以下是对这一问题的详细分析：

一、支付给员工（或其近亲属）的费用

1. 医疗救治相关费用

   • 工伤医疗费用和康复费用：职工因工作遭受事故伤害或患职业病进行治疗时，享受工伤医疗待遇。这些费用由工伤保险基金（若用人单位已缴纳工伤保险费）或用人单位（若未缴纳工伤保险费）直接支付给医疗机构，用于职工的治疗和康复。虽然款项不直接支付给职工，但实际上是用于职工的治疗，因此可以视为职工受益。
   • 住院伙食补助费、交通食宿费：职工住院治疗工伤期间的伙食补助费，以及经同意到统筹地区以外就医的交通、食宿费用，由工伤保险基金或用人单位支付给职工本人或其近亲属，以补偿职工就医期间的生活成本增加。

2. 伤残待遇相关费用

   • 一次性伤残补助金：根据伤残等级，工伤保险基金或用人单位按一定月数的本人工资向工伤职工支付一次性伤残补助金，直接支付给职工本人，以补偿其因伤残导致的收入减少。
   • 伤残津贴：对于一级至四级伤残的职工，保留劳动关系并退出工作岗位后，按月从工伤保险基金领取伤残津贴；五级、六级伤残且难以安排工作的，由用人单位按月发放伤残津贴，或选择解除劳动关系后由工伤保险基金支付一次性工伤医疗补助金。这些津贴或补助金直接支付给职工本人。
   • 生活护理费：经评定需要生活护理的工伤职工，按月从工伤保险基金领取生活护理费，用于聘请护工等生活照顾支出，直接支付给职工本人或其指定的护理机构。

3. 工亡待遇相关费用

   • 丧葬补助金、供养亲属抚恤金和一次性工亡补助金：职工因工死亡后，其近亲属可从工伤保险基金领取丧葬补助金用于丧葬事宜，供养亲属抚恤金用于保障无劳动能力亲属的基本生活，一次性工亡补助金则是对近亲属的一次性经济补偿。这些款项直接支付给职工的近亲属。

二、支付给用人单位的费用

1. 一次性伤残就业补助金：对于五级、六级伤残的职工，若其提出解除或终止劳动关系，由用人单位支付一次性伤残就业补助金。七级至十级伤残的职工在合同期满或提出解除合同时，同样由用人单位支付此补助金。在某些情况下，工伤保险基金可能会先将这部分费用支付给用人单位，再由用人单位转付给工伤职工。但本质上，这笔款项是支付给工伤职工的，只是通过用人单位进行转付。
2. 用人单位已垫付费用：工伤事故发生后，若用人单位先行垫付了工伤职工的医疗费用等合理支出，工伤保险基金在支付赔偿时会将这部分费用返还给用人单位。这是对用人单位先行垫付费用的补偿，但并不改变工伤赔偿款项最终受益人为工伤职工或其近亲属的事实。

三、特殊情况下的责任主体与支付对象

在特定情境下，如劳务派遣、单位指派、业务转包、个人挂靠等，工伤赔偿责任主体可能发生变化。但无论责任主体如何变化，工伤赔偿款项的最终受益人仍然是因工受伤的职工或其近亲属。例如，在劳务派遣中，虽然派遣单位是承担工伤保险责任的单位，但赔偿款项仍然是支付给因工受伤的派遣职工或其近亲属。

总结与建议：

工伤赔偿协议中的赔偿款项主要是支付给因工受伤的职工本人或其近亲属。在签订工伤赔偿协议时，应明确赔偿款项的支付对象、支付方式和支付时间等条款，以确保赔偿款项能够准确、及时地支付给受益人。同时，受伤职工或其近亲属在签订协议前应充分了解自己的权益和赔偿标准，避免因信息不对称或误解而导致权益受损。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。