公司让员工开个体户发工资的行为，在多数情况下不合法，且存在较大法律风险。以下从不同角度详细分析：

1. 从劳动关系与税务合规角度

• 劳动关系本质：若员工实际接受公司管理、从事公司安排的工作，双方构成劳动关系。公司要求员工注册个体户，可能旨在规避劳动关系项下的义务（如缴纳社保、支付加班费、承担工伤责任等），但形式上的个体户注册无法改变劳动关系的实质。根据《劳动合同法》第7条，劳动关系自用工之日起建立，不以是否注册个体户为判断标准。
• 税务风险：若公司通过个体户向员工发放工资，可能涉及“虚开发票”或“利用个体户转移利润”等税务违法行为。例如，个体户若未实际经营却开具发票，或公司通过个体户隐匿收入、少缴税款，均可能被税务机关查处，面临罚款甚至刑事责任。

2. 从社保与工伤责任角度

• 社保缴纳义务：根据《社会保险法》，用人单位必须为员工缴纳社保。若公司通过个体户发工资，可能以“个体户自主经营”为由拒绝缴纳社保，但劳动关系存续期间，公司仍需承担社保缴纳义务。员工可向劳动监察部门投诉，要求公司补缴社保。
• 工伤责任：若员工在工作中受伤，若被认定为劳动关系，公司需承担工伤赔偿责任。即使员工注册了个体户，若实际受公司管理，仍可能被认定为劳动关系，公司无法通过个体户规避工伤责任。

3. 从法律风险与员工权益保护角度

• 公司风险：公司要求员工注册个体户发工资，可能面临以下风险：
  • 被认定为“以合法形式掩盖非法目的”，相关协议（如劳务合同）可能被认定无效；
  • 税务机关查处后，公司需补缴税款、滞纳金及罚款；
  • 员工主张劳动关系时，公司可能需支付未签劳动合同双倍工资、经济补偿金等。
• 员工权益保护：员工若被迫注册个体户，可采取以下措施：
  • 保留与公司存在劳动关系的证据（如工作证、考勤记录、工资发放记录等）；
  • 向劳动监察部门投诉公司未缴纳社保、未签劳动合同等违法行为；
  • 申请劳动仲裁，确认劳动关系并主张相关权益。

4. 例外情形：合法劳务关系

• 若员工确实以个体户名义与公司签订劳务合同，且实际从事独立劳务（如兼职设计、咨询等），双方构成劳务关系而非劳动关系。此时，公司通过个体户支付劳务费可能合法，但需满足以下条件：
  • 劳务内容独立，不受公司管理；
  • 双方明确约定劳务关系，且无劳动关系特征（如固定工作时间、考勤等）；
  • 个体户实际经营，且劳务费支付符合税务规定。

总结建议：公司要求员工注册个体户发工资的行为，在多数情况下涉嫌规避劳动关系义务，存在较大法律风险。员工若遇到此类情况，应谨慎评估自身权益，必要时通过法律途径维权。如有具体问题，可直接向我咨询。