协议中约定房产的百分之十份额，在符合法律规定和双方真实意愿的情况下，是合法的。以下从不同角度进行分析：
一、法律背景与依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。在房产份额的约定上，只要双方自愿，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，这样的约定就是有效的。具体来说，如果双方通过协议明确约定了房产的份额分配，比如一方拥有房产的百分之九十，另一方拥有百分之十，这样的约定在法律上是被认可的。
二、协议效力的关键因素
双方真实意愿：协议必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订协议时存在重大误解，或者协议内容显失公平，那么该协议可能因存在可撤销的情形而无效。
不违反法律规定：协议内容必须合法，不能违反法律、行政法规的强制性规定。例如，如果协议中约定的房产份额分配方式违反了税收法规、物权法等相关规定，那么该协议可能因违法而无效。
不违背公序良俗：协议内容不能违背公序良俗，即不能违反社会公共利益和道德准则。如果协议内容涉及违法、违背道德或社会公序良俗的条款，那么这些条款将被视为无效。
三、实际应用中的注意事项
明确约定：在签订协议时，双方应明确约定房产的份额分配方式、比例以及相关的权利和义务。这有助于避免未来因份额分配问题而产生的纠纷。
办理相关手续：如果协议涉及房产的过户、登记等手续，双方应及时办理相关手续，以确保协议的合法性和有效性。例如，如果一方将其拥有的房产份额转让给另一方，双方应到房地产登记机构办理过户手续。
保留证据：在签订和履行协议过程中，双方应保留好相关证据，如协议文本、转账记录、沟通记录等。这些证据在未来可能因纠纷而需要用到时，将起到至关重要的作用。
四、可能存在的法律后果
如果协议中约定的房产份额分配方式存在违法或违背公序良俗的情形，或者双方在签订协议时存在欺诈、胁迫等情形，那么该协议可能被认定为无效。在这种情况下，双方可能需要通过法律途径来解决纠纷，并可能面临相应的法律责任。
建议：在签订涉及房产份额分配的协议时，双方应充分了解相关法律法规和政策规定，确保协议内容的合法性和有效性。如果有任何疑问或不确定的地方，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。有问题可以直接向我咨询。