对于非法占用建设用地的情况，自然资源主管部门确实有权没收建筑物，但具体是否没收需根据建筑物的实际情况、对土地利用规划的影响以及相关法律法规来决定。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律依据与没收条件
根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条的规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。对于在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，如果符合土地利用总体规划，自然资源主管部门有权没收这些建筑物和设施。这一规定明确了非法占用建设用地时，建筑物可能面临被没收的法律后果。
二、没收建筑物的具体情形
符合土地利用总体规划：如果非法占用的建设用地上的建筑物符合土地利用总体规划，那么这些建筑物在责令退还非法占用土地的同时，可能会被没收。这是为了维护土地利用的合理性和规划性，防止非法占用土地对土地资源造成破坏。
不符合土地利用总体规划：如果建筑物不符合土地利用总体规划，如擅自将农用地改为建设用地，那么除了责令退还非法占用的土地外，还可能要求限期拆除这些建筑物，恢复土地原状。在这种情况下，建筑物通常不会被没收，而是被拆除以恢复土地的原状。
三、没收建筑物的后续处理
对于被没收的建筑物，其后续处理方式可能包括：
政府安排使用：如果没收的建筑物不需拆除且符合规划和用途要求，政府可能会安排其用于特定的公共用途，如作为政府办公场所、公共服务设施等。
拍卖处置：政府也可能选择将没收的建筑物进行拍卖，以获取资金用于其他公共事业。拍卖所得款项通常会上缴国库。
四、法律建议与风险提示
遵守法律法规：任何单位或个人在使用土地时，都应严格遵守《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，确保土地的合法使用和管理。非法占用建设用地不仅可能面临建筑物的没收，还可能面临罚款、限期拆除等法律后果。
咨询专业律师：在涉及土地使用和建筑物建设的问题上，建议咨询专业律师以了解相关法律规定和风险。虽然此处我作为姚前松律师已经给出了详细的解答，但每个具体案件都有其独特性，专业律师能提供更具体、更个性化的法律建议。
及时整改与补救：如果已经存在非法占用建设用地的情况，建议及时整改并补办相关手续，以避免更严重的法律后果。例如，如果建筑物符合土地利用总体规划但未办理用地审批手续，可以尽快补办手续并缴纳罚款和土地出让金等费用。
综上所述，非法占用建设用地时，建筑物是否会被没收取决于多种因素，包括建筑物的实际情况、对土地利用规划的影响以及相关法律法规的规定。因此，在使用土地和建设建筑物时，务必遵守相关法律法规，确保合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。