市纪委受理土地“以租代征”案件后，通常会根据案件性质、情节严重程度及涉及主体，分情况采取调查、处分、移送司法或督促整改等措施。具体处理流程及依据如下：

1. 初步核查，确定是否立案

市纪委受理举报后，会先对线索进行初步核实，重点调查：

• 是否存在“以租代征”事实：即是否通过租赁农村集体土地的方式，规避法定征地程序（如未办理农用地转用审批、未支付征地补偿等），将土地用于非农业建设（如建厂、开发房地产等）。
• 涉及主体及责任：包括地方政府部门（如乡镇政府、国土部门）、村集体、企业或个人是否存在违规操作、利益输送或失职渎职行为。
• 是否造成严重后果：如土地资源浪费、农民权益受损、社会影响恶劣等。

若初步核实存在违规事实，将正式立案调查；若线索不实或情节轻微，可能不予立案，但会记录在案并反馈举报人。

2. 立案调查，查清事实与责任

立案后，市纪委将组成调查组，通过查阅文件、询问当事人、现场勘查等方式，重点查清：

• 违规操作的具体手段：如租赁合同是否掩盖非法征地目的、是否伪造审批文件、是否截留补偿款等。
• 责任主体及分工：区分直接责任人（如具体操作人员）、领导责任人（如分管领导）和监管责任人（如国土部门）。
• 违规所得及损失：包括非法获取的土地使用权价值、农民应得而未得的补偿款、土地生态破坏损失等。

调查期间，可能对涉案人员采取谈话、留置等措施，并要求其配合说明情况。

3. 根据调查结果，分类处置

根据违规情节轻重，市纪委将采取不同处理方式：

（1）党纪政务处分

• 对党员干部：若涉及违规决策、滥用职权、收受贿赂等行为，依据《中国共产党纪律处分条例》《中华人民共和国公职人员政务处分法》给予警告、记过、撤职、开除党籍/公职等处分。
• 对非党员公职人员：同样按政务处分法处理，如警告、降级、撤职等。

（2）移送司法机关

• 若涉嫌犯罪：如非法转让土地使用权罪（《刑法》第228条）、贪污罪、受贿罪等，市纪委会将案件移送检察院审查起诉，由法院依法审判。
• 典型案例：某乡镇干部通过“以租代征”非法占用农用地建厂房，被以非法占用农用地罪判处有期徒刑，并追缴违法所得。

（3）督促整改与责任追究

• 对违规企业或个人：责令退还土地、恢复土地原状、补缴土地出让金或补偿款，并处以罚款（依据《土地管理法》第82条）。
• 对监管失职部门：向其上级机关或同级政府提出监察建议，要求加强土地管理、完善审批流程，并对相关责任人问责。

4. 公开结果，回应社会关切

市纪委会将处理结果通过官方渠道（如网站、公告）向社会公开，包括：

• 违规事实认定；
• 责任人处理情况；
• 整改措施及进展。

此举既保障公众知情权，也起到警示作用，防止类似问题再次发生。

5. 特殊情况：涉及上级或复杂案件

若案件涉及市级以上干部，或存在跨区域、跨部门违规操作，市纪委可能：

• 提级办理：由上级纪委（如省纪委）直接调查；
• 联合办案：与审计、公安、国土等部门组成联合调查组，协同查处。

总结：市纪委对“以租代征”案件的处理，核心是“查清事实、分清责任、严肃问责、督促整改”，既追究个人违纪违法责任，也推动制度完善，维护土地管理秩序和农民合法权益。若您遇到此类问题，可直接向我咨询具体法律细节。