公司对员工罚款超过两三万属于严重违法行为，可能面临行政处罚、民事赔偿及刑事责任风险，具体后果需结合罚款依据、实施程序及员工维权情况综合判断。以下从法律角度分情况详细说明：

1. 行政处罚风险：劳动监察部门可责令整改并处罚款

根据《劳动合同法》第84条及《劳动保障监察条例》第30条，用人单位若存在以下行为，由劳动行政部门责令限期改正，并可处以罚款：

• 违法扣减工资：罚款属于变相克扣工资，若公司无法证明罚款依据（如规章制度未经民主程序制定、未公示或内容违法），劳动监察部门可按“克扣工资”处理，要求公司补发工资并支付赔偿金；
• 程序违法：即使规章制度合法，若未履行告知义务（如未让员工签字确认罚款事项），或罚款金额超过当月工资20%（根据《工资支付暂行规定》第16条），仍属违法，劳动部门可对公司处以2000元以上2万元以下罚款。

典型案例：某公司因员工迟到罚款5000元，因规章制度未公示且罚款比例超标，被劳动监察部门责令补发工资并罚款1.5万元。

2. 民事赔偿风险：员工可主张返还罚款并索赔

若公司罚款行为被认定违法，员工可通过以下途径维权：

• 劳动仲裁：依据《劳动合同法》第38条，员工可主张公司“未及时足额支付劳动报酬”，要求解除劳动合同并支付经济补偿金（按工作年限计算，每满1年支付1个月工资）；
• 民事诉讼：若罚款导致员工生活困难（如罚款后工资低于当地最低工资标准），员工可单独起诉要求返还罚款，并主张因维权产生的误工费、交通费等损失。

关键证据：工资条、罚款通知、规章制度、考勤记录等，需证明罚款无合法依据或程序违法。

3. 刑事责任风险：极端情况下可能构成犯罪

若公司通过罚款手段非法占有员工财物，且数额较大（通常指5000元以上），可能涉嫌《刑法》第271条职务侵占罪或第266条诈骗罪：

• 职务侵占罪：公司管理人员利用职务便利，将员工罚款据为己有，数额较大的（6万元以上为“数额较大”），处3年以下有期徒刑或拘役；
• 诈骗罪：若公司虚构罚款事由（如伪造考勤记录），骗取员工财物，数额较大的（3000元至1万元以上），处3年以下有期徒刑、拘役或管制。

提示：刑事责任需以“非法占有目的”为核心，若公司罚款用于公共管理（如弥补损失），一般不构成犯罪，但需符合比例原则。

4. 合规建议：公司应避免“以罚代管”

• 制度合法：罚款依据的规章制度需经职工代表大会讨论、公示并告知员工，且内容不得违反法律强制性规定（如禁止罚款“迟到1分钟扣100元”）；
• 程序合规：罚款前应听取员工申辩，罚款金额不得超过当月工资20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准；
• 替代方案：建议通过绩效考核、奖金调整等合法方式管理员工，避免直接罚款引发纠纷。

总结：公司罚款超两三万已远超合法范围，不仅需返还罚款，还可能面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。若您或身边人遇到此类问题，可直接向我咨询具体维权方案。