出租车司机向两名乘客收取两份费用是否合理及处理方式，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若两名乘客独立打车且行程独立
   若两名乘客分别通过打车平台或路边招手叫车，且行程路线完全独立（如目的地不同或出发地不同），司机分别收取两份费用属于合理行为。此时每份费用对应独立的运输服务合同，符合《民法典》第八百零九条关于运输合同的规定，即“运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同”。

2. 若两名乘客共同打车且行程相同

   • 未提前告知收费规则：若乘客共同乘坐同一辆出租车前往同一目的地，但司机未提前告知需收取两份费用，则涉嫌违反《价格法》第十三条“经营者不得在标价之外加价出售商品，不得收取任何未予标明的费用”的规定。乘客有权要求司机按合理标准收费（如按计价器显示金额或当地出租车运价标准），并可向当地交通运输主管部门投诉（如12328热线）。
     
   • 提前告知并协商一致：若司机在乘客上车前明确告知“需收取两份费用”（如因乘客携带大量行李、要求特殊服务等），且乘客同意，则属于双方自愿达成的民事协议，不违反法律规定。但需注意，若收费标准显著高于当地运价规则（如超出计价器金额的50%以上），可能涉嫌“不按规定明码标价”或“利用市场优势地位强制交易”，乘客仍可投诉。

3. 若涉及拼车或合乘行为
   若司机通过平台接单后，未经乘客同意擅自拼载其他乘客，并分别收取费用，则违反《网络预约出租汽车经营服务管理暂行办法》第十九条“网约车平台公司不得以拼车、顺风车名义提供运营服务”的规定。乘客可要求司机按原价退款，并向平台或监管部门举报。

建议行动：

• 乘客应保留乘车凭证（如发票、支付记录、行程截图），记录车牌号、司机信息及收费细节；
  
• 若认为收费不合理，可先与司机协商，协商不成可向出租车公司或当地交通运输主管部门投诉；
  
• 若涉及金额较大或存在欺诈行为（如伪造计价器数据），可向公安机关报案或通过诉讼维权。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律适用问题。