结论：铲除林地上的林木种植药材是否违法及如何处罚，需根据具体情况判断。若未取得合法手续擅自铲除林木，则可能构成违法，需承担行政处罚甚至刑事责任；若已取得合法手续，则一般不违法。
分析说明：
未取得合法手续擅自铲除林木的情况：
- 法律依据：根据《中华人民共和国森林法》的相关规定，未经林业行政主管部门及法律规定的其他主管部门批准并核发林木采伐许可证，或者虽持有林木采伐许可证，但违反采伐许可证规定的时间、数量、树种或者方式，任意采伐本单位所有或者本人所有的森林或者其他林木的，属于滥伐林木行为。若铲除的是国家重点保护植物，还可能触犯《中华人民共和国刑法》中关于非法采伐、毁坏国家重点保护植物罪的规定。
- 法律后果：对于滥伐林木的行为，林业行政主管部门会责令补种滥伐株数五倍的树木，并处滥伐林木价值三倍以上五倍以下的罚款。若构成犯罪，如非法采伐、毁坏国家重点保护植物罪，则可能面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
已取得合法手续铲除林木的情况：
- 法律依据：若因建设、开发等合法目的，已按照相关法律法规的规定，取得了林业行政主管部门或其他相关部门的批准，并核发了林木采伐许可证，那么按照许可证的规定铲除林木，并用于种植药材等合法用途，则一般不构成违法。
- 注意事项：即使取得了合法手续，也需严格按照许可证规定的时间、数量、树种和方式进行采伐，不得超范围、超数量采伐，否则仍可能构成违法。
行动建议：
- 咨询与审批：在计划铲除林地上的林木种植药材前，建议先咨询当地的林业行政主管部门或其他相关部门，了解相关法律法规和政策要求，确保自己的行为合法合规。若需采伐林木，应按照规定申请林木采伐许可证。
- 合规操作：在取得合法手续后，应严格按照许可证的规定进行采伐和种植活动，避免超范围、超数量采伐或种植非法植物等行为。
- 法律风险防范：在铲除林木和种植药材的过程中，应保留好相关证据和文件，如采伐许可证、种植合同等，以备不时之需。若遇到法律纠纷或行政处罚等问题，应及时寻求专业律师的帮助，维护自己的合法权益。
后续思考：在涉及林地和林木的问题上，应充分考虑生态保护和可持续发展的原则。在追求经济效益的同时，也要注重生态效益和社会效益的协调统一。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。