当员工三年的劳动合同到期时，处理方式主要依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，同时，若涉及“三期”（孕期、产期、哺乳期）女职工，还需特别考虑其特殊权益保护。以下是对这一问题的详细解答：
一、一般情况下的合同到期处理
续订劳动合同：
- 协商一致：劳动合同期满后，若双方都有意愿继续合作，可以协商一致后重新签订劳动合同。新合同的期限、工作内容、工资待遇等条款可由双方重新约定。
- 无固定期限劳动合同：根据《劳动合同法》第十四条，若劳动者在用人单位连续工作满十年，或连续订立二次固定期限劳动合同且无法定解除或终止情形，劳动者提出或同意续订劳动合同的，应订立无固定期限劳动合同。对于三年合同到期的情况，若此前已签订过一次固定期限合同（如首次签订为三年），且满足其他条件（如无严重违反规章制度等），劳动者有权要求签订无固定期限合同。
终止劳动合同：
- 自然终止：若双方未就续订劳动合同达成一致，或劳动者选择不再续签，则原劳动合同自期满之日起自动终止。
- 支付经济补偿金：根据《劳动合同法》第四十六条，除用人单位维持或提高劳动合同约定条件续订而劳动者不同意续订的情形外，用人单位应向劳动者支付经济补偿金。经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资。
二、“三期”女职工合同到期的特殊处理
对于“三期”（孕期、产期、哺乳期）女职工，劳动合同到期时的处理需遵循以下原则：
自动延续：
- 根据《劳动合同法》第四十五条，女职工在“三期”内，劳动合同期满的，应续延至相应情形消失时终止，即需延续至哺乳期结束。此规定确保了女职工在特殊时期的职业稳定。
协商变更与续签：
- 双方可协商一致，对原合同进行变更（如调整工作岗位、工作时间等），以适应女职工“三期”的特殊需求，或续签新的劳动合同。变更或续签合同的内容，应确保不低于原合同的待遇标准，且符合法律法规要求。
待遇保障：
- 工资待遇：“三期”期间，用人单位应按原劳动合同约定支付女职工工资，不得降低其工资水平。
- 福利保障：女职工依法享受生育津贴、产假工资、哺乳假等福利待遇。用人单位需协助办理相关手续，并确保生育津贴的发放。若生育津贴低于女职工产假前工资标准，用人单位应补足差额。
合同解除与终止的限制：
- 用人单位不得因女职工处于“三期”而依据《劳动合同法》第四十条（无过失性辞退）、第四十一条（经济性裁员）的规定解除劳动合同。但女职工严重违反规章制度或给用人单位造成重大损害等符合第三十九条规定的情形除外。
- 劳动合同正常延续期满终止时，用人单位应向女职工支付经济补偿。若用人单位在“三期”内违法解除劳动合同，女职工可要求继续履行或要求用人单位按经济补偿标准的二倍支付赔偿金。
三、注意事项
- 提前通知：建议用人单位在合同到期前与劳动者进行沟通，明确双方的意向，以避免纠纷。
- 办理离职手续：若劳动合同终止，用人单位应在规定时间内为劳动者办理离职手续，包括出具离职证明、转移社保关系等。
- 保留证据：双方都应保留好相关证据，如劳动合同文本、工资支付记录、沟通记录等，以备不时之需。
综上所述，当员工三年的劳动合同到期时，用人单位和劳动者应根据具体情况，遵循相关法律法规，通过协商一致的方式处理后续事宜，确保双方的合法权益得到充分保障。特别是对于“三期”女职工，用人单位需更加谨慎处理，确保她们的特殊权益不受侵害。