结论：厂长让你“等我电话在来上班”这一行为是否违法，需根据具体情况判断，但若厂长无正当理由且未按照法定程序进行，可能涉嫌违法。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同和规章制度的角度
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了请假、复工等流程和条件，那么厂长让你“等我电话在来上班”是否符合合同约定是关键。
- 若合同中有明确规定，且厂长的要求符合合同约定，那么这一行为可能不违法。
- 若合同中没有明确规定，或者厂长的要求与合同约定相悖，那么这一行为可能涉嫌违法，因为厂长单方面改变了复工的条件和流程。
用人单位规章制度：
- 用人单位有权制定规章制度来规范员工的行为和管理流程，但这些规章制度必须合法、合理，并且经过民主程序制定，且已告知劳动者。
- 若规章制度中有相关规定，且厂长的要求符合规章制度，那么这一行为可能不违法。
- 若规章制度中没有相关规定，或者厂长的要求与规章制度相悖，或者规章制度本身不合法、不合理，那么这一行为可能涉嫌违法。
二、从劳动法的角度
劳动者的权益：
- 劳动者有权按照劳动合同的约定和用人单位的规章制度进行工作，并享有相应的工资、福利等权益。
- 厂长让你“等我电话在来上班”，如果导致你无法正常工作，且没有合理的理由和补偿，那么可能侵犯了你的劳动权益。
用人单位的义务：
- 用人单位有义务为劳动者提供必要的工作条件，并按照劳动合同的约定支付工资。
- 如果厂长无正当理由阻止你复工，且未按照法定程序进行（如未提前通知、未说明理由等），那么可能违反了劳动法的相关规定。
三、具体建议
与厂长沟通：
- 首先，你可以尝试与厂长进行沟通，了解他让你“等我电话在来上班”的具体原因和依据。
- 如果厂长能够给出合理的解释和依据，且符合劳动合同和规章制度的规定，那么你可以按照他的要求进行。
查看劳动合同和规章制度：
- 仔细查看你的劳动合同和用人单位的规章制度，了解请假、复工等流程和条件。
- 如果发现厂长的要求与合同或规章制度相悖，或者合同、规章制度本身存在问题，你可以向用人单位的人力资源部门或相关领导反映情况。
寻求法律援助：
- 如果与厂长的沟通无果，或者你认为自己的劳动权益受到了侵犯，你可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 作为专业律师，我可以为你提供具体的法律建议和帮助，维护你的合法权益。
总结：厂长让你“等我电话在来上班”这一行为是否违法，需根据劳动合同、规章制度以及劳动法的相关规定进行判断。如果你认为自己的权益受到了侵犯，建议及时与厂长沟通、查看相关合同和规章制度，并寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。