针对您提出的“银行不配合职工出具代发单位主体证明该怎么办，以及是否有法律依据要求开具”的问题，以下是我的详细解答：
一、关于银行不配合出具证明的处理方式
沟通协商：
- 首先，建议您与银行的相关部门或负责人进行直接沟通，明确说明您需要代发单位主体证明的具体用途和重要性，尝试通过友好协商的方式解决问题。
了解银行规定：
- 询问银行是否有特定的流程或要求来出具此类证明，以及是否需要提供额外的材料或信息。了解银行的具体规定后，您可以按照要求准备相应材料，以便银行能够更顺利地为您出具证明。
寻求上级或监管部门帮助：
- 如果沟通协商无果，您可以考虑向银行的上级机构或相关监管部门（如银保监会等）反映情况，寻求他们的帮助和指导。
二、关于是否有法律依据要求银行开具证明
一般法律依据：
- 在一般情况下，银行作为金融机构，有义务配合客户（包括职工）提供必要的证明文件，尤其是当这些证明文件与客户的合法权益或业务需求直接相关时。然而，具体的法律依据可能因地区和具体情境而有所不同。
特定情境下的法律依据：
- 如果您需要代发单位主体证明是为了办理某些特定业务（如贷款、信用卡申请、社保缴纳等），那么这些业务的相关法律法规或政策文件可能会明确要求银行提供此类证明。在这种情况下，您可以引用相关法律法规或政策文件来要求银行出具证明。
《保障中小企业款项支付条例》的适用性：
- 需要注意的是，您提到的《保障中小企业款项支付条例》主要关注的是中小企业款项支付问题，与银行出具代发单位主体证明的直接关联性不强。因此，该条例可能不是直接要求银行出具证明的法律依据。
其他可能的法律依据：
- 除了上述一般法律依据和特定情境下的法律依据外，您还可以咨询法律专业人士或查阅相关法律法规，以了解是否有其他具体的法律依据可以支持您要求银行出具代发单位主体证明。
三、建议与总结
- 建议：在处理此类问题时，建议您首先尝试与银行进行友好沟通协商，了解银行的具体规定和要求，并按照要求准备相应材料。如果沟通无果，您可以考虑寻求上级或监管部门的帮助，或者咨询法律专业人士以获取更具体的法律建议。
- 总结：虽然可能没有直接的法律条文明确要求银行必须出具代发单位主体证明，但在某些特定情境下（如办理特定业务时），相关法律法规或政策文件可能会间接要求银行提供此类证明。因此，在处理此类问题时，建议您结合具体情况和法律法规进行综合分析，并采取适当的措施来维护自己的合法权益。