关于在职加班工资的追溯期限，这并不是一个简单固定为两年的问题，而是需要根据具体情况和相关法律法规来综合判断。以下是对此问题的详细解答：

一、劳动行政保障部门的查处期限

根据《劳动保障监察条例》第二十条，如果违反劳动保障法律、法规或规章的行为在两年内未被劳动保障行政部门发现，也未被举报或投诉，那么劳动保障行政部门将不再查处。这一期限是从违法行为发生之日起计算的，如果行为有连续或继续状态，则从行为终了之日起计算。但这一规定主要适用于劳动行政部门的查处，并不直接限制劳动者通过其他途径（如劳动仲裁或诉讼）主张加班工资。

二、劳动仲裁及诉讼程序的追溯期限

1. 仲裁时效：

   • 根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年，自当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。
   • 然而，对于劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬（包括加班工资）发生的争议，劳动者申请仲裁不受此一年时效的限制。这意味着，在劳动关系存续期间，劳动者可以随时主张加班工资。
   • 如果劳动关系终止，劳动者则需自劳动关系终止之日起一年内提出仲裁申请。多数地区倾向于将加班工资认定为劳动报酬范畴，因此在劳动关系存续期间，劳动者主张加班工资不受时效限制。

2. 诉讼时效：

   • 进入诉讼程序后，人民法院审理劳动争议案件会遵循上述仲裁时效的相关规定。
   • 如果用人单位未以超过仲裁时效进行抗辩，法院不会主动审查时效问题。只要劳动者能提供证据证明用人单位拖欠加班工资，就可以追溯到实际存在加班事实且未支付加班工资的时间，这可能远远超过两年。

三、实际追溯中的考量因素

1. 证据保存：

   • 劳动者在主张加班工资时，需要确保能够提供充分有效的证据支持其诉求，如加班记录、工资单、考勤记录等。
   • 由于工资支付记录等关键证据的保存期限有限，劳动者应尽早收集和保存相关证据。

2. 举证责任：

   • 在劳动争议案件中，劳动者对加班事实的存在承担举证责任。
   • 如果劳动者无法提供有效证据证明加班事实，可能面临败诉风险。

四、实例说明

以小李为例，他在某公司工作了5年，期间一直存在加班但未支付加班工资的情况。如果小李在离职后半年内申请劳动仲裁，要求支付这5年的加班工资，并提供充分有效的证据证明加班事实，那么他主张这5年加班工资的诉求有可能得到支持。

总结与建议

综上所述，加班工资的追溯期限并非简单固定为两年，而是需根据具体情况和相关法律法规来判断。在劳动关系存续期间，劳动者可随时主张加班工资；劳动关系终止后，则需在一年的时效期内提出申请。为了更好地维护自己的权益，建议劳动者在遇到加班工资问题时，及时咨询当地劳动监察部门或专业律师，以便了解具体的法律程序和举证要求。