结论：员工离职时，公司是否应当日结清工资，需根据具体情况判断，一般情况下，公司应在离职时一次性结清工资，但法律也允许双方协商确定支付时间。

详细分析：

1. 法律规定：

   • 根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，在大多数情况下，员工离职时，公司应当一次性结清工资。

2. 特殊情况：

   • 尽管法律有上述规定，但实践中也存在一些特殊情况。例如，如果双方在劳动合同或公司规章制度中有明确约定，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么公司可以按照约定支付工资。不过，这种约定通常应当是对员工有利的，比如约定离职后一定期限内支付工资，但不得无故拖延。
   • 另外，如果员工因个人原因（如未提前通知离职、违反公司规章制度等）给公司造成损失，公司有权要求员工赔偿，并可以从工资中扣除相应金额。但这种情况下，公司仍需确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准，且扣除部分需有合理依据。

3. 实际操作建议：

   • 对于员工而言，如果希望离职时当日结清工资，可以在离职前与公司进行沟通，明确表达自己的诉求。如果公司拒绝，员工可以了解公司的支付政策和相关法律法规，以便在必要时维护自己的权益。
   • 对于公司而言，应当遵守相关法律法规，确保在员工离职时及时结清工资。如果因特殊原因无法当日结清，应当与员工进行协商，并明确告知支付时间和方式，以避免不必要的纠纷。

可能后果：

• 如果公司违反法律规定，未在离职时一次性结清工资，员工有权向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能的赔偿金。
• 如果员工因个人原因给公司造成损失，公司未经合法程序擅自扣除工资，员工同样有权通过法律途径维护自己的权益。

总结与建议：

• 员工离职时，公司一般应当当日结清工资。如果因特殊原因无法当日结清，应当与员工进行协商并明确告知支付时间和方式。
• 双方应当遵守相关法律法规和劳动合同约定，确保工资支付的合法性和合理性。如有任何疑问或纠纷，建议及时咨询专业律师或相关机构以获取帮助。

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