设施农用地复垦协议书的签订对象，主要是与农村集体经济组织进行协商并签订，而非直接与政府签订，但整个流程中会涉及到政府的审核与备案环节。以下是对此问题的详细解答：

首先，根据相关规定，设施农用地在兴建农业设施时，经营者需要拟定设施建设方案，并与农村集体经济组织就土地使用年限、土地用途、补充耕地、土地复垦等土地使用条件进行协商。协商一致后，双方会签订用地协议，其中就包括了《设施农业用地土地复垦协议》。这一协议明确了经营者在使用设施农用地结束后，需要按照约定对土地进行复垦的责任和义务。

其次，虽然复垦协议是经营者与农村集体经济组织签订的，但整个设施农用地的使用过程是需要政府进行审核和备案的。具体来说，经营者需要持设施建设方案和用地协议等相关材料，向乡镇政府提出用地申请。乡镇政府在审核无误后，会呈报给县级政府进行进一步审核。县级政府在审核过程中，会重点关注用地的合理性、合规性，以及用地协议和补充耕地情况等，确保设施农用地的使用符合相关规定。

最后，关于复垦费用的问题，虽然相关规定中并未明确要求收取复垦保证金，但经营者作为设施农业用地的使用者，有义务按照约定使用土地，并在用地协议终止后，按规定对土地进行复垦。复垦费用的具体数额和支付方式，可以根据土地使用面积、损毁程度、采取的复垦工程等因素，由经营者与农村集体经济组织进行协商确定。

综上所述，设施农用地复垦协议书主要是与农村集体经济组织签订的，但整个流程中需要政府的审核和备案。同时，经营者作为设施农业用地的使用者，有义务按照约定对土地进行复垦，并承担相应的复垦费用。