关于镇政府能否与用地人签订复垦协议的问题，这主要取决于具体的法律法规和政策要求，以及复垦项目的性质和具体情况。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，土地复垦的责任通常归属于生产建设单位或者个人，即用地人。根据《土地复垦条例》及相关实施办法，土地复垦义务人（即用地人）有责任将土地复垦费用列入生产成本或建设项目总投资，并按照规定预存土地复垦费用，以确保复垦工作的顺利进行。

在复垦协议的签订方面，一般来说，复垦协议的签订方应是与土地复垦义务直接相关的主体。对于镇政府而言，其通常作为地方行政机关，负责土地管理和监督工作，但并不直接承担土地复垦的义务。然而，在某些特定情况下，如拆旧复垦项目，镇政府可能会作为项目的一方参与复垦协议的签订。

以您提供的市规划和自然资源局增城区分局的公告为例，该公告中明确提到了区局与正果镇政府、到蔚村村委、到蔚村新壹合作社、土地使用权人签订了指标交易协议。这表明，在拆旧复垦项目中，镇政府可以作为项目的一方参与协议的签订，但这通常是在特定政策要求和项目背景下进行的，并且需要得到上级政府或相关部门的批准和同意。

因此，对于镇政府能否与用地人签订复垦协议的问题，不能一概而论。如果复垦项目属于镇政府负责或参与的特定项目，并且符合相关法律法规和政策要求，那么镇政府是可以与用地人签订复垦协议的。但在一般情况下，复垦协议的签订方应主要是土地复垦义务人（即用地人）与相关的自然资源主管部门或土地管理机构。

最后，我建议您在具体操作中，先了解清楚当地的法律法规和政策要求，以及复垦项目的具体情况和性质，再确定是否可以与镇政府签订复垦协议。如有需要，您也可以咨询当地的自然资源主管部门或法律专业人士以获取更准确的指导和建议。