设施农用地用地协议一般是与当地农村集体经济组织签订。以下是关于设施农用地用地协议签订的详细解释：

1. 签订主体：

   • 设施农业经营者作为土地的使用方，需要与土地的所有者或管理者，即当地农村集体经济组织，就土地使用事宜进行协商并签订用地协议。
   • 如果设施农业项目涉及土地承包经营权流转，那么经营者还需要依法与承包农户签订流转合同，并征得承包农户的同意。

2. 协议内容：

   • 用地协议应明确土地的具体位置、面积、用途（如种植、养殖等设施农业用途）、使用期限、土地复垦要求、补偿方式及违约责任等关键条款。
   • 使用期限应根据项目的实际经营周期合理确定，土地复垦要求要明确复垦标准、时间节点及费用承担方式，以确保土地在使用结束后能够得到及时恢复。

3. 签订流程：

   • 在签订用地协议前，设施农业经营者需与农村集体经济组织进行充分协商，就协议内容达成一致意见。
   • 协议签订后，农村集体经济组织应在村集体内部显著位置（如村公告栏）对用地协议进行公示，公示期限不少于10个工作日，以保障村集体成员的知情权和参与权。
   • 公示无异议后，设施农业经营者需向乡镇政府（街道办事处）提交备案材料，包括用地协议、设施建设方案、土地复垦方案等，以便乡镇政府进行审核和备案。

4. 特殊情况：

   • 如果设施农业项目涉及占用永久基本农田，那么需要按照相关规定进行补划，确保行政区域内永久基本农田面积不减少。
   • 补划工作需按规定程序进行，并编制补划方案报自然资源主管部门批准。同时，调整永久基本农田数据库，以反映补划后的实际情况。

法律建议：

• 在签订设施农用地用地协议前，建议设施农业经营者充分了解相关法律法规和政策要求，确保用地手续的合法性和合规性。
• 协议内容应详细、明确，避免出现模糊不清或遗漏关键条款的情况，以减少后续纠纷的风险。
• 在协议签订和履行过程中，如遇到任何问题或纠纷，建议及时咨询专业律师或相关部门，以便得到及时、有效的法律帮助。

如有任何关于设施农用地用地协议或其他法律问题的疑问，欢迎直接向我咨询。