结论前置：迟到一分钟一次扣全勤是否合法，需结合公司规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规来综合判断。若公司规章制度合法且员工已知悉并同意，同时该规定合理，则扣除全勤奖通常合法；反之，则可能构成违法行为。以下从多个角度进行详细分析：
一、公司规章制度与劳动合同的合法性
规章制度制定程序：
- 公司有权在规章制度中设定考勤管理等行为规范，但这些规定必须经过民主程序（如职工代表大会讨论通过）并向劳动者公示或告知。只有这样，规章制度才具备法律效力。若“迟到一分钟扣全勤”的规定未经合法程序制定，或未向劳动者公示或告知，则该规定可能无效。
劳动合同约定：
- 如果劳动合同或相关文件中明确规定了迟到将扣除全勤奖或相应工资，并且员工已签署同意，那么公司按照约定执行是合法的。但需注意，该约定不得违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准、加班费等。
二、法律法规的遵循
- 根据《中华人民共和国劳动法》等法律法规，员工的工资应当按时足额支付，不得无故克扣或拖欠。因此，公司扣除全勤奖必须有合法依据，即规章制度或劳动合同中的明确约定。
- 规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定。若“迟到一分钟扣全勤”的规定过于严苛，导致员工工资收入大幅减少，甚至低于最低工资标准，则该规定可能因违法而无效。
三、规章制度的合理性与公平性
- 公司在设置全勤奖及相应的扣除规则时，应确保其合理性和公平性。例如，全勤奖的金额不应过高，占工资的比例应适中，避免因一次迟到就导致员工工资收入大幅减少。
- 同时，公司应设置合理的迟到次数和时长限制，以及相应的处罚措施。对于偶尔迟到且有合理原因的员工，公司可以酌情考虑不扣除全勤奖，体现人性化管理。
四、员工权益的保障
- 如果员工认为公司扣除全勤奖的行为不合法或不合理，可以与公司进行协商解决。在协商过程中，员工可以要求公司提供扣除全勤奖的合法依据，并说明扣除的合理性。
- 协商不成的情况下，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或仲裁过程中，员工需提供充分的证据来支持自己的主张，如劳动合同、规章制度、考勤记录等。
五、实践建议
- 公司角度：公司在制定或修改规章制度时，应确保遵循民主程序和公示要求，并充分考虑员工的意见和建议。同时，公司应确保规章制度的合理性和公平性，避免因过度惩罚而导致员工的不满和纠纷。
- 员工角度：员工在签署劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是与考勤管理相关的条款。若发现合同中有不合理或违法的规定，应及时与公司沟通协商。在日常工作中，员工应遵守公司的规章制度，保持良好的出勤记录。若因特殊原因无法按时到岗，应及时向公司请假并说明原因。
总结：迟到一分钟一次扣全勤的合法性是一个综合考量的问题，需要综合考虑公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规的规定。只有在确保各方面都符合法律要求的前提下，公司才能合法地执行相关制度并维护良好的劳动关系。若您对此有疑问或遇到类似问题，可以直接向我咨询。