结论：宅基地超占先交费同意后使用是否合法，需分情况讨论，主要取决于交费性质、是否符合规划及审批程序等因素。以下从不同角度详细分析：
一、交费性质与合法性关联
若交费为罚款性质：
- 合法性分析：宅基地超占部分若未经审批，属于违法占地。若相关部门对超占部分进行罚款，并允许在缴纳罚款后继续使用，这种处理方式通常基于地方性法规或规章，旨在纠正违法行为并平衡公共利益与个人权益。但需注意，罚款并不等同于合法化，超占部分仍需符合宅基地使用规划和审批条件，否则可能面临后续整改要求。
- 法律依据：根据《土地管理法》第七十七条，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。罚款后是否允许继续使用，需结合地方具体规定。
若交费为有偿使用费性质：
- 合法性分析：部分地区对宅基地超占部分实行有偿使用制度，即超占部分需缴纳一定费用后方可继续使用。这种制度旨在通过经济手段调节宅基地使用，促进土地资源合理利用。若交费符合地方规定，且超占部分符合宅基地使用条件，则这种使用方式相对合法。
- 法律依据：地方性法规或规章可能对此有具体规定，如《XX省农村宅基地管理办法》中可能明确宅基地超占有偿使用的标准、程序等。
二、规划与审批程序的影响
符合规划与审批：
- 合法性分析：即使超占部分已交费，若该部分不符合宅基地使用规划或未经审批，其合法性仍存疑。宅基地使用需遵循土地利用总体规划和城乡规划，未经审批擅自超占可能面临整改或拆除风险。
- 建议：在交费前，应确认超占部分是否符合规划，并尽快办理相关审批手续，以确保使用合法。
不符合规划与审批：
- 合法性分析：若超占部分既不符合规划也未经审批，即使已交费，其使用行为仍可能被认定为违法。相关部门有权要求限期整改或拆除超占部分。
- 后果：可能面临罚款、限期拆除等行政处罚，甚至影响宅基地使用权确认和房屋产权登记。
三、实际操作中的注意事项
- 了解地方规定：宅基地管理政策因地区而异，需详细了解当地关于宅基地超占的处理规定，包括交费标准、审批程序等。
- 保留交费凭证：交费后应妥善保留相关凭证，以备后续查询或维权使用。
- 及时办理审批：若超占部分符合规划条件，应尽快办理审批手续，确保使用合法合规。
- 咨询专业意见：在处理宅基地超占问题时，建议咨询当地自然资源部门或专业律师，以获取准确、权威的指导。
总结：宅基地超占先交费同意后使用是否合法，需根据交费性质、是否符合规划及审批程序等因素综合判断。在处理此类问题时，建议详细了解当地规定，及时办理审批手续，并咨询专业意见以确保使用合法合规。如有任何疑问或需要进一步帮助，请直接向我咨询。