工程资金不通过挂靠公司进行操作，在法律上是不被允许的，且存在较大的法律风险。以下从几个角度进行详细分析：

1. 挂靠行为的法律性质：

   • 挂靠行为通常指的是没有资质或资质较低的单位或个人，通过借用有资质的单位的名义来承接工程，并向该单位支付一定的管理费。这种行为在法律上是被明确禁止的，因为它违反了建筑市场的公平竞争原则，也可能导致工程质量、安全等方面的问题。

2. 工程资金的管理与流转：

   • 在合法的工程承包关系中，工程资金通常是通过承包合同约定的方式，由发包方直接支付给承包方（即具有相应资质的施工单位）。如果资金不通过挂靠公司（即名义上的承包方）进行流转，而是直接支付给实际施工方，这可能构成对挂靠协议的违反，也可能引发资金监管、税务等方面的问题。

3. 法律后果与风险：

   • 如果工程资金不通过挂靠公司进行操作，一旦被发现，可能面临行政处罚，如罚款、吊销资质等。同时，如果因此引发纠纷，如工程质量问题、拖欠工程款等，实际施工方可能难以通过法律途径维护自己的权益，因为挂靠行为本身就不受法律保护。
   • 此外，不通过挂靠公司操作工程资金还可能涉及税务违法问题。挂靠公司作为名义上的承包方，通常需要按照税法规定缴纳相关税费。如果资金不经过其账户，可能导致税费缴纳不完整或逃避税费，从而引发税务风险。

4. 合法合规的建议：

   • 对于想要承接工程的单位或个人，应当首先确保自己具备相应的资质和条件，然后通过合法的途径参与工程承包。如果确实需要借助其他单位的资质，应当通过合法的分包或联合承包等方式进行，而不是采取挂靠这种违法的方式。
   • 在工程资金的管理与流转方面，应当严格按照合同约定和法律规定进行，确保资金的合法、合规使用。如果遇到资金问题或纠纷，应当及时寻求法律帮助，通过合法途径维护自己的权益。

综上所述，工程资金不通过挂靠公司进行操作是不被法律允许的，且存在较大的法律风险。因此，建议在实际操作中严格遵守相关法律法规和合同约定，确保工程的合法、合规进行。如果您在劳动工伤、合同纠纷、经济纠纷、婚姻家庭、建设工程、刑事辩护等领域有法律问题，可以直接向我咨询。