若政策措施被发现违反公平竞争审查，原则上不能继续执行奖补兑付，但需根据具体情况分析。以下从不同角度进行详细分析：
一、公平竞争审查制度的基本要求
公平竞争审查制度旨在防止政府及其部门出台排除、限制竞争的政策措施，维护市场公平竞争环境。根据《公平竞争审查制度实施细则》等相关规定，政策制定机关在制定涉及市场主体经济活动的政策措施时，应当进行公平竞争审查，确保政策措施不违反市场竞争原则。若政策措施被发现违反公平竞争审查，说明其可能存在排除、限制竞争的内容，这与公平竞争审查制度的基本要求相悖。
二、违反公平竞争审查的政策措施的法律后果
政策措施的修改或废止：一旦政策措施被发现违反公平竞争审查，政策制定机关通常需要对其进行修改或废止，以消除排除、限制竞争的内容。这是纠正违法行为、恢复市场公平竞争秩序的必要措施。
奖补兑付的暂停或终止：由于奖补兑付通常与政策措施的实施紧密相关，若政策措施因违反公平竞争审查而被修改或废止，那么基于该政策措施的奖补兑付也应当相应暂停或终止。这是因为继续执行奖补兑付可能进一步加剧市场不公平竞争，损害其他市场主体的合法权益。
三、特殊情况下的处理
尽管原则上违反公平竞争审查的政策措施不能继续执行奖补兑付，但在某些特殊情况下，可能需要考虑政策措施的实际情况和影响，以及修改或废止政策措施可能带来的后果。例如：
政策措施的紧急性和必要性：如果政策措施是为了应对突发事件或紧急情况而制定的，且其违反公平竞争审查的内容并非核心或关键部分，那么在确保市场公平竞争的前提下，可能可以考虑对奖补兑付进行适当调整或延续。但这种情况需要严格审查，并确保不会对市场公平竞争造成实质性损害。
奖补兑付的独立性和可分割性：如果奖补兑付与政策措施中违反公平竞争审查的部分可以独立分割，且奖补兑付本身并不违反市场竞争原则，那么可能可以考虑继续执行奖补兑付。但这种情况同样需要谨慎处理，并确保不会引发其他市场主体的质疑或投诉。
四、法律建议
政策制定机关应严格遵守公平竞争审查制度：在制定涉及市场主体经济活动的政策措施时，务必进行公平竞争审查，确保政策措施符合市场竞争原则。这有助于避免后续因违反公平竞争审查而引发的法律风险和纠纷。
对已发现的违反公平竞争审查的政策措施及时整改：一旦政策措施被发现违反公平竞争审查，政策制定机关应立即采取措施进行整改，包括修改或废止政策措施、暂停或终止奖补兑付等。这有助于维护市场公平竞争秩序，保护其他市场主体的合法权益。
寻求专业法律意见：在处理涉及公平竞争审查的问题时，政策制定机关可以寻求专业律师的法律意见，以确保政策措施的合法性和合规性。这有助于降低法律风险，避免不必要的纠纷和损失。
若您在政策制定或执行过程中遇到任何与公平竞争审查相关的问题，或有其他公司法务方面的疑问，欢迎直接向我咨询。