小区改造中政府收回的划拨土地，通常是由政府作为主体与相关方签订建设合同，但不一定是直接与开发商签订，需分情况讨论，具体如下：

1. 政府主导的公益性改造项目
   若小区改造属于政府主导的公益性项目（如老旧小区改造、保障性住房建设等），且土地收回后由政府直接组织建设或委托国有企业实施，则建设合同通常由政府或其指定的部门（如住建局、城投公司）与施工单位签订，开发商一般不直接参与。此时开发商的角色可能是代建方或施工方，需通过招投标程序确定，合同主体仍为政府方。

2. 政府与开发商合作开发（PPP模式等）
   若改造项目涉及商业开发（如部分土地用于商品房建设以平衡资金），政府可能通过PPP模式（政府和社会资本合作）或土地作价出资等方式引入开发商。此时：

   • 政府需先依法收回划拨土地使用权（通常需补偿原使用权人）；
     
   • 将土地转为出让土地（需补缴土地出让金）或以划拨土地作价入股；
     
   • 由政府与开发商签订合作开发合同或项目协议，明确双方权利义务（如土地使用、资金投入、收益分配等）。
     注：此类合同需符合《民法典》《招标投标法》《城市房地产管理法》等规定，避免国有资产流失。

3. 开发商单独开发（需变更土地性质）
   若政府直接将收回的划拨土地协议出让给开发商（需符合《招标拍卖挂牌出让国有土地使用权规定》），则开发商需先与政府签订土地出让合同，再自行组织建设。此时建设合同由开发商与施工单位签订，政府仅通过出让合同约束开发商的开发行为。

关键法律提示：

• 划拨土地使用权收回需符合《土地管理法》第58条规定的公共利益情形（如城市基础设施、公益事业建设等），并依法补偿原使用权人。
  
• 若涉及土地性质变更（划拨转出让），需履行“招拍挂”程序或经政府批准协议出让，否则合同可能因违反强制性规定而无效。
  
• 政府与开发商的合作需避免“名为合作实为借贷”“明招暗定”等违规行为，否则可能面临行政处罚或合同无效风险。

如有具体项目细节（如土地性质、改造模式等），可进一步向我咨询，我会结合案例为您分析合同主体及法律风险。