用人单位收取劳务公司保证金是否合法，需根据具体情况来判断，但通常情况下，在劳动合同关系中，用人单位向劳动者（包括通过劳务公司派遣的劳动者）收取保证金是不合法的。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同关系中的保证金
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条的规定，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。这一规定明确禁止了用人单位以任何形式向劳动者收取保证金的行为。
不合法性分析：
- 保证金通常被视为一种担保形式，与劳动合同法的规定相悖。无论是直接招用还是通过劳务公司派遣，劳动者与用人单位之间建立的是劳动合同关系，受劳动合同法的保护。因此，用人单位不得向劳动者收取保证金。
法律后果：
- 如果用人单位违反规定收取保证金，劳动行政部门有权责令用人单位限期退还劳动者本人所收取的保证金，并按照每人五百元以上二千元以下的标准处以罚款。
- 如果用人单位收取保证金的行为给劳动者造成了损害，例如导致劳动者经济损失或者影响其正常生活等，用人单位还应当承担赔偿责任。
二、劳务承揽或分包合同中的保证金
合法性条件：
- 在劳务承揽或合法的劳务分包合同中，如果当事人具有民事行为能力，且约定交纳保证金是其真实意思表示，同时没有违反法律强制性规定和公序良俗，那么这样的约定是具有法律效力的。但这种情况通常不涉及用人单位与劳动者之间的劳动合同关系，而是劳务提供方与接受方之间的合同关系。
现实意义与注意事项：
- 这种保证金通常用于确保劳务提供者能够按照约定提供劳务、遵守工作纪律、保护商业秘密等，是一种经济约束手段。
- 然而，即使在这种情况下，保证金的数额也应合理，且不得存在欺诈、胁迫等情形。否则，该约定将无效。
三、针对劳务公司派遣劳动者的特殊情况
- 如果劳务公司作为用人单位，与劳动者签订劳动合同并派遣至其他单位工作，那么劳务公司不得向劳动者收取保证金。
- 如果劳务公司仅作为中介机构，介绍劳动者至其他单位工作，并与劳动者、用工单位签订三方协议，那么劳务公司通常也不应向劳动者收取保证金。但如果用工单位要求劳务公司作为担保方，且劳务公司同意并明确告知劳动者，同时不违反法律法规的强制性规定，这种情况下的保证金约定可能具有法律效力，但这种情况较为特殊且复杂，需具体分析。
四、劳动者应对建议
- 劳动者在求职过程中应提高法律意识，警惕用人单位或劳务公司的违规行为。
- 如果遇到用人单位或劳务公司要求收取保证金的情况，应该坚决拒绝，并向当地劳动监察部门或相关部门进行举报投诉。
- 劳动者在签订劳动合同时，应认真阅读合同内容，确保合同条款合法、明确，避免自身权益受到侵害。
综上所述，在劳动合同关系中，用人单位向劳动者（包括通过劳务公司派遣的劳动者）收取保证金通常是不合法的。劳动者应了解自己的权益，遇到违规情况及时维权，以确保自身合法权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。