核心结论：同时签订劳动合同和代理合同的情况下，个税计算需根据收入性质分别适用不同税目，并遵循综合所得与经营所得分项计税原则。以下分情况说明：

1. 劳动合同收入：按“工资薪金所得”计税

• 计税方式：劳动合同对应的工资、奖金、津贴等收入，属于“综合所得”中的“工资薪金所得”，按年度合并计算个人所得税。
• 计算步骤：
  1. 预扣预缴：由用人单位按月代扣代缴，适用3%-45%的七级超额累进税率；
  2. 年度汇算清缴：次年3-6月，将全年工资薪金、劳务报酬、稿酬、特许权使用费四项综合所得合并，减除6万元基本减除费用、专项扣除（如社保、公积金）、专项附加扣除（如子女教育、房贷利息）后，按综合所得税率表计算应纳税额，多退少补。

2. 代理合同收入：按“经营所得”或“劳务报酬所得”计税

代理合同的性质决定计税方式，需区分以下两种情形：

情形一：代理合同属于“独立从事劳务”

• 适用税目：若代理行为符合“独立从事劳务”特征（如个人独立承接代理业务，自行承担经营风险），收入按“经营所得”计税。
• 计税方式：
  1. 查账征收：按年度收入总额减除成本、费用及损失后的余额为应纳税所得额，适用5%-35%的五级超额累进税率；
  2. 核定征收：若税务机关核定征收率，直接按收入乘以核定率计算应纳税额。
• 关键点：需保留成本费用凭证（如代理过程中的差旅费、办公费等），以降低税负。

情形二：代理合同属于“非独立劳务”

• 适用税目：若代理行为受雇主支配（如公司员工兼职代理业务，按公司指令行事），收入按“劳务报酬所得”计税。
• 计税方式：
  1. 预扣预缴：由支付方按次或按月预扣税款，收入减除费用后（每次不超过4000元减800元，超过4000元减20%）按20%-40%的预扣率计算；
  2. 年度汇算清缴：劳务报酬并入综合所得，按综合所得税率表计算最终税款，与预扣税款差额多退少补。

3. 特殊情形：混合计税的注意事项

• 避免重复计税：若代理合同收入已按“经营所得”计税，不得再并入综合所得；若按“劳务报酬所得”预扣，则需在年度汇算时合并计算。
• 税目选择依据：以代理行为是否独立、是否承担经营风险为核心判断标准，建议保留合同、付款凭证、工作记录等证据，以备税务机关核查。

4. 合规建议

• 分类申报：在个人所得税APP中分别申报工资薪金（劳动合同）和经营所得/劳务报酬（代理合同），避免混淆；
• 成本扣除：经营所得可扣除合理成本，建议建立独立账目；
• 税务咨询：若收入结构复杂（如同时涉及多份代理合同），可提供具体合同条款，进一步分析计税方式。

提示：个税计算需结合合同实质、收入性质及税务机关认定，建议根据实际情况选择计税方式。如有疑问，可直接向我咨询具体案例。