结论：批捕后在逃且检察院不起诉的情况下，在逃期间的工资处理需分情况讨论，主要取决于用人单位的规章制度、劳动合同约定以及在逃行为与工作的关联性等因素，一般可能面临不予发放或按规章制度处理的结果。以下是具体分析：

1. 从劳动合同履行角度
   • 劳动合同的履行要求劳动者按照约定提供劳动，用人单位支付相应报酬。批捕后在逃期间，劳动者显然没有正常履行劳动合同中提供劳动的义务。根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，劳动者未提供正常劳动的，用人单位有权不支付该期间的工资。例如，若劳动合同中明确约定劳动者无故旷工达到一定天数，用人单位有权停发工资，那么在逃行为可视为严重违反劳动纪律的旷工行为，用人单位可以依据合同约定不予发放工资。
2. 从用人单位规章制度角度
   • 用人单位通常会制定内部规章制度来规范员工的行为。如果规章制度中明确规定员工因涉嫌犯罪被批捕且在逃的，在逃期间不享受工资待遇，或者按照特定的方式处理工资问题，如扣除全部或部分工资等，只要该规章制度经过民主程序制定、不违反法律法规的强制性规定，并且已经向劳动者公示或告知，那么用人单位可以依据规章制度对在逃员工的工资进行处理。比如，某公司规章制度规定员工被批捕后在逃的，视为自动离职，公司不支付在逃期间的工资，且不给予任何经济补偿，这种规定在合法合规的前提下是有效的。
3. 从在逃行为与工作的关联性角度
   • 如果在逃行为与工作本身存在直接关联，例如劳动者是利用职务之便实施犯罪行为后在逃，那么用人单位不仅可能不支付在逃期间的工资，还可能依据法律规定和内部规定追究劳动者的其他责任，如要求劳动者赔偿因犯罪行为给用人单位造成的损失等。例如，一名财务人员利用职务便利挪用公司资金后在逃，公司不仅可以停发其工资，还可以要求其返还挪用的资金并赔偿因此给公司造成的利息损失、声誉损失等。
4. 从检察院不起诉的性质角度
   • 检察院不起诉并不意味着劳动者完全无罪或其行为不违反其他规定。不起诉可能存在多种情形，如证据不足不起诉、情节轻微不起诉等。如果最终查明劳动者确实存在违法行为，只是因情节轻微等原因不被起诉，用人单位仍可以依据上述劳动合同、规章制度等对其工资进行处理。但如果经调查劳动者完全是被冤枉的，不存在任何违法犯罪行为，那么用人单位可能需要补发其在逃期间的工资，并可能因不当处理工资问题而承担一定的法律责任，如支付经济补偿金等。不过这种情况相对较为少见，且需要劳动者提供充分的证据证明自己的清白以及用人单位的处理存在过错。

如果遇到此类复杂情况，建议进一步向我咨询，以便根据具体细节提供更精准的法律分析。