关于员工有疾病入职时签署的免责协议是否具有法律效力的问题，这是一个涉及劳动法与民法典相关规定的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：

一、免责协议的法律效力分析

首先，我们需要明确的是，有病史员工与公司之间不能签署完全免除公司法定责任的免责合同。这类合同通常被视为无效，因为它们违反了劳动法和民法典中的强制性规定。

1. 《中华人民共和国劳动合同法》的视角：

   • 根据该法，劳动合同的无效或部分无效情形包括：以欺诈、胁迫手段订立，用人单位免除法定责任、排除劳动者权利，以及违反法律、行政法规强制性规定。若免责合同试图免除公司在员工因病史发病时应承担的责任（如医疗救助、病假工资等），则属于免除自身法定责任、排除劳动者权利的情形，因此无效。

2. 《中华人民共和国民法典》的视角：

   • 民法典同样规定，违反法律、行政法规强制性规定的民事法律行为无效。特别是涉及造成员工人身损害的免责条款，根据民法典的相关规定，此类条款也是无效的。这意味着，即使双方签署了免责协议，若该协议排除了员工在发病等情况下的合理权益保障，该协议仍可能被认定为无效。

二、特殊情况下的处理建议

尽管完全免责的合同无效，但在某些特定行业或工作环境中，对于已知自身病史且该病史可能对工作产生重大安全风险的员工，用人单位可以在充分告知风险、员工明确知晓且自愿的情况下，对工作安排、工作职责等方面进行特别约定。然而，这并非完全免除用人单位所有责任的免责合同，而是在合法合规的前提下对双方权利义务的合理调整。

三、公司应采取的合法措施

对于有病史的员工，公司应依法采取以下措施来保障员工的合法权益：

1. 提供合理的医疗期：在员工因疾病需要治疗时，公司应提供合理的医疗期，并在医疗期内支付病假工资。

2. 调整工作岗位：医疗期满后，若员工不能胜任原工作，公司可考虑调整其工作岗位，以适应其身体状况。

3. 依法解除劳动合同：若员工在医疗期满后仍不能从事原工作或公司另行安排的工作，公司可依法提前三十日以书面形式通知员工本人或额外支付一个月工资后解除劳动合同。

四、总结

综上所述，有病史员工与公司之间不能签署旨在完全免除公司法定责任的免责合同。公司应遵守相关法律法规，保障员工的合法权益，并在处理与有病史员工的劳动关系时采取合理、合法的措施。这不仅有助于维护劳动关系的和谐稳定，也是公司履行社会责任、彰显人文关怀的重要体现。希望这些解答能对您有所帮助。