公司扣除员工全部工资的行为通常是不合法的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 明确规定“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”这一条款直接否定了用人单位随意扣除劳动者工资的合法性，为劳动者提供了基本的工资保障。
《工资支付暂行规定》第十六条：
- 指出“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”这一规定明确了在特定情况下（即劳动者给用人单位造成经济损失）可以扣除工资的条件和限额，且强调了扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条第一款：
- 规定“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。”这进一步强化了用人单位按时足额支付工资的义务。
二、分析说明
全额扣除工资违法：
- 根据上述法律规定，即使劳动者违反了公司规定或给公司造成了经济损失，用人单位也无权一次性扣除其全部工资。这种做法不仅违反了劳动法的相关规定，也损害了劳动者的合法权益。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，是劳动者维持生活的基本来源，用人单位无权剥夺。
合法扣除需满足条件：
- 只有在劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失的情况下，用人单位才能按照劳动合同的约定要求劳动者赔偿经济损失，并从其工资中扣除相应部分。但扣除的比例和数额必须严格遵守法律规定，不得超出法定限额。例如，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
维护劳动者权益：
- 如果用人单位以劳动者违反公司规定为由扣除其全部工资，劳动者有权依法维权。他们可以向劳动监察部门投诉举报，要求用人单位纠正违法行为并支付被克扣的工资；也可以直接向劳动争议仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
三、实际操作建议
与公司沟通协商：
- 劳动者在发现公司扣除全部工资后，首先应尝试与公司进行沟通协商，了解公司扣除工资的具体原因和依据，并要求公司按照法律规定进行纠正。
向劳动监察部门投诉：
- 如果沟通协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉举报公司的违法行为。劳动监察部门将依法进行调查处理，并责令公司支付被克扣的工资。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动监察部门的处理结果未能满足劳动者的诉求，劳动者还可以向劳动争议仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
综上所述，公司扣除员工全部工资的行为通常是不合法的。劳动者在遭遇此类情况时，应依法维权，确保自身劳动权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。