结论前置：超市出具谅解书后，法院是否立案需分情况讨论，具体处理方式取决于案件性质、谅解书内容及法律程序要求。以下分情况详细说明：

1. 刑事案件：谅解书可能影响量刑，但不影响立案

• 立案阶段：刑事案件由公安机关侦查、检察院审查起诉，法院立案是程序性环节，只要符合《刑事诉讼法》规定的立案条件（如存在犯罪事实、需追究刑事责任），法院必须立案，谅解书无法阻止立案。
• 量刑阶段：若超市作为被害人出具谅解书，法院在量刑时会将“取得被害人谅解”作为从宽处罚的情节（如减少基准刑的20%-30%），但不影响案件是否进入审判程序。
• 例外情形：若案件属于“告诉才处理”的轻微刑事案件（如侮辱、诽谤罪），且超市明确表示不追究，可能通过和解撤案，但需经公安机关或检察院审查同意。

2. 民事案件：谅解书可能促成调解，但法院仍可立案

• 立案前：若双方在诉前达成和解（超市出具谅解书并同意赔偿等），可向法院申请确认调解协议效力，法院审查后出具民事裁定书，此时案件以调解方式结案，无需立案。
• 立案后：若已立案，超市出具谅解书可作为调解依据，法院可组织调解或根据当事人申请制作调解书，案件以调解方式终结，但立案程序已完成，仅是诉讼结果变化。
• 无调解意愿：若一方反悔或调解不成，法院将继续审理并作出判决，谅解书仅作为证据影响赔偿金额等。

3. 行政案件：谅解书对立案无直接影响

• 行政案件（如超市因违规被行政处罚后起诉行政机关）中，谅解书通常不涉及行政机关的处罚决定合法性，法院立案与否取决于是否符合《行政诉讼法》的受理条件（如原告资格、被告明确、有具体诉讼请求等），谅解书不构成立案障碍。

实务建议

1. 明确案件类型：先判断案件是刑事、民事还是行政，不同类型案件中谅解书的法律效果差异显著。
2. 谅解书内容规范：需写明双方身份、案件事实、谅解意愿、赔偿协议（如有）等，并由双方签字盖章，避免因内容瑕疵影响效力。
3. 及时固定证据：若希望通过谅解书解决纠纷，建议同步留存转账记录、沟通记录等证据，防止后续反悔。
4. 咨询专业律师：谅解书的撰写、案件走向预判需结合具体案情，建议委托律师协助处理，以最大限度维护权益。

如有进一步疑问，可直接向我提问，我将结合具体案情为您详细分析。