总经理作为公司亏损情况下的劳动者，若公司存在违反劳动法律法规的行为，其有权依法提起劳动仲裁，公司应积极应对仲裁程序，同时审视自身行为是否合规。以下从多个角度进行分析：
一、总经理提起劳动仲裁的合法性
- 劳动者身份确认：总经理虽然在公司中担任高级管理职务，但其本质上仍是劳动者，与公司之间存在劳动关系。因此，总经理享有与普通劳动者相同的劳动权益，包括但不限于获得劳动报酬、享受社会保险和福利待遇、休息休假等。
- 劳动仲裁的适用范围：劳动仲裁是解决劳动争议的一种重要方式，适用于用人单位与劳动者之间因确认劳动关系、订立、履行、变更、解除和终止劳动合同、工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护、劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议。因此，如果总经理与公司之间就上述事项存在争议，其有权依法提起劳动仲裁。
二、公司亏损对劳动仲裁的影响
- 公司亏损不改变劳动关系本质：公司亏损是公司经营状况的一种表现，它并不改变总经理与公司之间的劳动关系本质。因此，即使公司亏损，总经理仍然有权依法维护自己的劳动权益。
- 公司亏损可能引发的劳动争议：在公司亏损的情况下，公司可能会采取一系列措施来降低成本、改善经营状况，如裁员、降薪等。这些措施可能引发与总经理之间的劳动争议，如裁员是否合法、降薪是否合理等。此时，总经理可以通过劳动仲裁来维护自己的合法权益。
三、公司应对劳动仲裁的策略
- 积极应诉：当总经理提起劳动仲裁时，公司应积极应诉，配合仲裁机构的调查和审理工作。公司应提供相关证据材料，如劳动合同、工资单、考勤记录等，以证明自己的主张。
- 审视自身行为合规性：在应对劳动仲裁的过程中，公司应审视自身行为是否合规。如果公司存在违反劳动法律法规的行为，如未按时支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等，公司应主动纠正并承担相应的法律责任。
- 寻求和解或调解：在劳动仲裁过程中，公司可以与总经理寻求和解或调解。通过协商达成一致意见，可以节省时间和成本，避免不必要的法律纠纷。