公司扣押员工毕业证是违法的。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条的规定，用人单位招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。毕业证作为员工学历的重要证明，属于员工个人所有，同样受到该条款的保护。因此，公司无权以任何理由扣押员工的毕业证。
二、公司的违法行为分析
无权扣押：
- 公司扣押员工毕业证的行为，直接违反了《劳动合同法》的上述规定。毕业证是员工通过学习和考试获得的官方文件，证明其学历和能力，公司无权扣押。
- 即使公司以入职条件或管理手段为由，要求员工提供毕业证原件，也是违法的。员工有权拒绝这种无理要求，并维护自己的合法权益。
可能涉及的违法后果：
- 行政处罚：如果公司的行为被认定为违法，劳动行政部门可能会对公司进行罚款等行政处罚。
- 民事赔偿：员工有权要求公司返还毕业证，并可能因公司行为造成的损失（如无法及时办理其他事务、错过就业机会等）要求赔偿。
- 刑事责任：在极端情况下，如果公司的行为构成犯罪（如伪造、变造国家机关公文、证件罪，虽然这种情况较为罕见，但理论上存在可能性），相关责任人员可能需要承担刑事责任。
三、员工的应对措施
友好协商：
- 首先尝试与公司沟通，明确指出公司扣押毕业证的行为是违法的，并要求公司立即归还。
- 可以与直接上级或人力资源部门进行沟通，表达自己的诉求和理由。
书面催告：
- 如果口头沟通无效，可以向公司发送书面催告函，明确指出公司扣押毕业证原件的违法性，并限定合理期限（如3个工作日）要求归还。
- 建议通过邮政特快专递（EMS）发送，并保留好寄送凭证和函件副本，以备后续使用。
向劳动监察部门投诉：
- 如果公司在催告后仍不归还毕业证，员工可以向当地劳动监察部门进行投诉。
- 投诉方式包括电话投诉（拨打12333等）、网上投诉（登录当地人力资源和社会保障局官方网站提交投诉）或现场投诉（前往劳动监察部门办公地点提交书面材料）。
法律途径：
- 如果劳动监察部门的处理结果不满意，员工可以考虑向人民法院提起诉讼，要求公司归还毕业证并赔偿因此造成的损失。
- 在诉讼过程中，需要提供充分证据证明公司的违法行为及损害后果，如劳动合同、催告函、投诉记录等。
四、预防与注意事项
- 在与用人单位签订合同时，应仔细审查合同条款，确保个人隐私和财产权益得到保护。避免签订含有不合理条款的合同。
- 如遇类似问题，应保持冷静和理智，避免情绪化或采取过激行为。通过合法途径维护自己的权益是最有效的解决方式。
- 在整个维权过程中，应妥善保留相关证据，如劳动合同、聊天记录、书面通知等。这些证据在后续处理中可能起到关键作用。
综上所述，公司扣押员工毕业证的行为是违法的，员工应依法维权。如果你遇到类似问题或有其他法律疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。