针对违法开垦“四荒地”（荒山、荒沟、荒丘、荒滩）的行为，行政机关中主要由自然资源主管部门（原国土资源部门）负责进行处罚。以下从不同角度进行详细分析：

1. 法律依据与职责划分：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，自然资源主管部门是土地资源管理的主要部门，负责土地资源的调查、规划、管理、监督和保护工作。违法开垦“四荒地”属于非法占用土地或破坏土地资源的行为，因此由自然资源主管部门进行处罚是合理的。
   • 具体来说，如果开垦行为未经批准或者违反了土地利用总体规划，自然资源主管部门有权依据相关法律法规进行处罚，包括责令停止开垦、恢复土地原状、罚款等。

2. 处罚措施与程序：

   • 自然资源主管部门在发现违法开垦行为后，会进行调查取证，确认违法事实、性质、情节以及社会危害程度。
   • 根据调查结果，自然资源主管部门会依法作出处罚决定，包括责令停止违法行为、限期改正、没收违法所得、罚款等。对于情节严重的，还可能依法追究刑事责任。
   • 处罚程序通常包括立案、调查取证、审查决定、送达执行等环节，确保处罚的合法性和公正性。

3. 其他相关部门的协作：

   • 虽然自然资源主管部门是主要处罚部门，但在某些情况下，其他相关部门如农业农村部门、林业草原部门等也可能参与协作。例如，如果开垦行为涉及农业用地或林业用地，农业农村部门或林业草原部门可能会根据各自职责提供技术支持或参与处罚过程。
   • 此外，如果违法开垦行为同时违反了环境保护、水资源管理等方面的法律法规，环保部门、水利部门等也可能根据相关规定进行处罚或参与协作。

4. 实际案例与启示：

   • 在实际案例中，违法开垦“四荒地”的行为往往受到严厉打击。例如，某地区曾发生一起非法开垦荒山案件，自然资源主管部门依法对当事人进行了处罚，并责令其恢复土地原状。这一案例表明，违法开垦行为将受到法律的制裁。
   • 对于广大农民和土地使用者来说，应严格遵守土地管理法律法规，不得未经批准擅自开垦“四荒地”。同时，应积极响应政府号召，参与土地整治和生态保护工作，共同维护土地资源的可持续利用。

总结与建议：违法开垦“四荒地”的行为将受到自然资源主管部门的处罚。为了维护土地资源的合理利用和生态保护，建议广大农民和土地使用者严格遵守相关法律法规，不得擅自开垦未经批准的土地。如有任何疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。