行政机关在一般情况下不能随意扣绩效工资，但在特定情形下，如员工违反规章制度或造成单位损失等，行政机关可能依据相关规定扣除部分绩效工资。以下是对这一问题的详细分析：
一、行政机关与员工的关系及工资构成
行政机关与员工之间通常建立的是劳动关系，员工的工资构成一般包括基本工资、绩效工资、奖金等。其中，绩效工资是根据员工的工作表现、工作成果或单位的经济效益等因素确定的浮动工资部分。
二、行政机关扣绩效工资的合法性分析
依据规章制度：
- 行政机关若要在员工绩效工资中进行扣除，首先需有明确的规章制度作为依据。这些规章制度应当经过民主程序制定，并已向员工公示或告知。规章制度中应明确规定绩效工资的扣除条件、程序及比例等。
- 若行政机关的规章制度中未规定绩效工资的扣除事项，或者规定的内容违反法律法规的强制性规定，则行政机关无权扣除员工的绩效工资。
员工违反规章制度：
- 当员工违反行政机关的规章制度，且该规章制度中明确规定了违反情形下的绩效工资扣除条款时，行政机关有权依据规章制度扣除员工的部分绩效工资。
- 但扣除的绩效工资比例应当合理，不得超过员工当月绩效工资的合理范围，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
员工造成单位损失：
- 若员工因故意或重大过失给行政机关造成经济损失，行政机关在要求员工赔偿损失时，可以从员工的工资中扣除。但同样，扣除的比例应当合理，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
- 在这种情况下，行政机关需要提供充分的证据证明员工的过错行为与单位损失之间的因果关系，以及损失的具体数额。
三、行政机关扣绩效工资的程序要求
- 行政机关在扣除员工绩效工资前，应当与员工进行充分沟通，说明扣除的原因、依据及比例等。
- 行政机关应当确保扣除行为的合法性和合理性，避免滥用职权或侵犯员工的合法权益。
- 若员工对扣除行为有异议，行政机关应当提供申诉渠道，允许员工进行申诉并重新审查扣除决定。
四、法律后果与建议
- 法律后果：若行政机关未经合法程序或无正当理由扣除员工绩效工资，员工有权向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，要求行政机关补发被扣除的工资及可能产生的经济补偿。
- 建议：对于行政机关而言，应当建立健全的规章制度，明确绩效工资的扣除条件和程序；对于员工而言，应当了解自己的权益和义务，若遇到绩效工资被不合理扣除的情况，应及时向行政机关提出异议或寻求法律援助。
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