绩效工资能否扣除以及是否合法，主要取决于劳动合同的约定、公司规章制度的合规性以及扣除行为的合理性。以下是对此问题的详细分析：
合法扣除绩效工资的情况
劳动合同明确约定：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了绩效工资的考核标准、发放方式及扣除条件，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么当劳动者未达到约定标准时，用人单位有权按照合同约定扣除绩效工资。
公司规章制度合规且员工认可：
- 用人单位应依法制定并公示有关绩效工资考核和扣除的规章制度，该制度需经过民主程序制定，如通过职工代表大会讨论，并向劳动者公示告知。
- 员工应知晓并通过实际工作行为（如参与绩效考核流程）表示对该制度的认可。当员工绩效不达标或违反相关制度时，用人单位可按照既定制度合理扣除绩效工资。
扣除后工资不低于最低工资标准：
- 即使存在合同约定和制度依据，扣除绩效工资后的工资也不得低于当地最低工资标准。这是法律对劳动者基本生活的保障，用人单位必须严格遵守。
劳动者自身过错导致：
- 若劳动者因故意或重大过失给用人单位造成经济损失，用人单位可根据劳动合同约定要求其赔偿经济损失，并从绩效工资中合理扣除。但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
非法扣除绩效工资的情况
缺乏合同约定与制度依据：
- 若劳动合同中未约定绩效工资扣除条款，且用人单位未制定并公示相关规章制度，则擅自扣除绩效工资构成违法。
不合理的考核与扣除：
- 绩效考核制度不合理、不公正、不透明，或考核指标模糊、主观随意性大，导致劳动者无法通过正常努力达到标准而被扣除绩效工资，此扣除行为可能违法。
- 扣除绩效工资的比例过高，明显损害劳动者权益，或与实际工作表现不符，也构成违法。
恶意扣除或以绩效之名惩罚：
- 用人单位不得以扣除绩效工资作为对劳动者的惩罚手段。例如，因员工迟到或请假等非绩效相关原因而大幅扣除绩效工资，此行为违法。
扣除后低于最低工资标准：
- 即使用人单位有合理的绩效考核制度和扣除理由，但若扣除绩效工资后员工的工资低于当地最低工资标准，则此扣除行为违法。
应对措施与建议
- 与用人单位沟通：首先，劳动者应与用人单位进行沟通，了解扣除绩效工资的具体原因和依据，并要求给出合理解释。
- 向劳动监察部门投诉：若沟通无果，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：若劳动监察部门未能解决问题，劳动者可向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，还可向人民法院提起诉讼以维护自己的合法权益。
总结来说，绩效工资的扣除是否合法需综合考虑多个因素。劳动者在面临此类问题时，应仔细审查劳动合同和公司规章制度，了解自己的权益和可能的维权途径。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。