事业单位考勤可以扣绩效工资，但需满足一定条件并遵循法定程序。具体分析如下：

1. 法律依据与原则
   根据《事业单位人事管理条例》及《工资支付暂行规定》，事业单位对员工工资的调整（包括绩效工资）需以合法合规的规章制度为依据，且不得违反最低工资标准、同工同酬等强制性规定。考勤管理属于用人单位的用工自主权范畴，但需通过民主程序制定制度（如职工代表大会讨论、公示等），并明确告知员工。

2. 扣绩效工资的合法情形

   • 制度明确约定：若事业单位的绩效考核制度中明确规定“迟到、早退、旷工等考勤违规行为将扣减绩效工资”，且该制度已通过民主程序制定并公示，则扣减行为具有合法性。
     
   • 比例合理：扣减金额需与考勤违规的严重程度成比例，例如旷工1天扣减当日绩效的50%，而非全额扣减，避免被认定为“克扣工资”。
     
   • 未低于最低工资：扣减后员工当月实发工资不得低于当地最低工资标准，否则属于违法行为。

3. 违法风险与应对

   • 无制度依据：若单位未制定考勤与绩效挂钩的制度，或制度未公示，员工可主张扣减无效，要求补发工资。
     
   • 程序瑕疵：制度虽存在但未通过民主程序（如未征求职工意见），可能被认定为“无效条款”。
     
   • 过度扣减：若扣减比例明显不合理（如旷工1次扣减全月绩效），员工可申请劳动仲裁，要求单位返还差额。

4. 实务建议

   • 对单位：完善考勤管理制度，明确扣减标准、程序及上限，并通过培训、签字确认等方式确保员工知悉。
     
   • 对员工：若认为扣减不合理，可先与单位协商；协商不成，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，需保留考勤记录、工资条等证据。

总结：事业单位可依法通过考勤扣减绩效工资，但需以合法制度为前提，并确保扣减比例合理、程序透明。如有争议，建议根据具体证据通过法律途径解决。