当被告组织在诉讼中拿不出证据时，法院的处理方式会依据具体的法律规定和案件情况来综合判断。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据与原则
首先，我们要明确的是，根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据加以证明，即“谁主张，谁举证”的原则。证据是诉讼的核心，是法院认定案件事实的基础。因此，无论是原告还是被告，都需要提供足够的证据来支持自己的主张。
二、被告拿不出证据时法院的可能处理方式
对被告主张不予采纳：
- 如果被告无法提供足够的证据证明其主张的事实，法院可能会认为被告未能完成举证责任，从而对其主张不予采纳。这意味着，被告所声称的事实将不会被法院认定为案件事实，进而可能影响案件的判决结果。
要求被告补充证据：
- 在某些情况下，如果法院认为被告提供的证据不足以支持其主张，但案件本身存在进一步调查的必要，法院可能会要求被告在一定期限内补充证据。若被告在规定时间内未能补充有效证据，法院将可能对其主张不予支持。
对案件事实进行综合判断：
- 即使被告拿不出直接证据，法院也会根据案件的其他证据、事实以及法律规定，对案件事实进行综合判断。例如，法院可能会考虑原告提供的证据、双方当事人的陈述、证人证言等，来推断案件的真实情况。
特定情形下的举证责任倒置：
- 在某些特殊侵权案件中，如环境污染、医疗事故等，法律规定可能由被告承担部分举证责任。这意味着，即使被告初步证据不足，但如果原告能够提供初步证据证明其受到损害，且该损害与被告的行为可能存在因果关系，那么被告就需要承担进一步的举证责任，证明其行为与损害之间不存在因果关系。若被告无法完成这一反证义务，仍需承担不利后果。
三、建议与注意事项
- 被告应积极收集证据：在诉讼过程中，被告应尽可能收集与案件相关的证据，以支持自己的主张。这包括书面证据、物证、证人证言等。
- 被告应了解并遵守举证规则：被告应了解诉讼中的举证规则，如举证时限、证据形式要求等，以确保自己提供的证据符合法院的要求。
- 被告可寻求专业法律帮助：如果被告对诉讼程序或举证规则不熟悉，可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的合法权益。
综上所述，当被告组织在诉讼中拿不出证据时，法院会根据具体情况和相关法律规定进行综合判断，并可能采取上述一种或多种处理方式。因此，被告应积极收集证据、了解并遵守举证规则，并在必要时寻求专业法律帮助。