在民事诉讼中，若司法鉴定人不采用医院的检查报告单，其鉴定意见仍然可能有效，但需满足一定条件，这一判断主要依据《司法鉴定程序通则》等相关法律规定。以下是对此问题的详细分析：

1. 鉴定意见的有效性基础：

   • 鉴定意见的有效性首先取决于其是否遵循了法定的鉴定程序和标准。根据《司法鉴定程序通则》，司法鉴定机构和鉴定人应当依照法律、法规、规章和技术标准、行业规范进行鉴定，确保鉴定意见的客观性、科学性和公正性。
   • 鉴定意见的有效性并不完全取决于其是否采用了某一特定的检查报告单，而是取决于鉴定过程是否合法、鉴定方法是否科学、鉴定结论是否合理。

2. 不采用医院检查报告单的情况：

   • 如果医院的检查报告单存在疑问，如检查过程不规范、检查设备不准确、检查人员资质不符等，鉴定人可能会选择不采用该报告单，而是采用其他更可靠、更科学的证据或方法进行鉴定。
   • 在某些情况下，鉴定人可能认为医院的检查报告单与鉴定事项无直接关联，或者该报告单的内容不足以支持鉴定结论，因此选择不采用。

3. 鉴定意见有效的法律依据：

   • 根据《司法鉴定程序通则》的相关规定，鉴定人应当独立进行鉴定，对鉴定意见负责。只要鉴定过程合法、鉴定方法科学、鉴定结论合理，即使不采用医院的检查报告单，鉴定意见仍然可能被认定为有效。
   • 同时，如果鉴定意见存在瑕疵或疑问，当事人可以申请补充鉴定或重新鉴定，以进一步验证鉴定意见的准确性和可靠性。

4. 实际操作中的考量：

   • 在实际操作中，鉴定人通常会综合考虑多种证据和因素，包括医院的检查报告单、其他医疗记录、专家意见等，以形成全面、客观的鉴定意见。
   • 如果鉴定人选择不采用医院的检查报告单，应当在鉴定意见中明确说明理由和依据，以便当事人和法院进行审查和判断。

总结来说，民事诉讼中司法鉴定人不采用医院检查报告单，并不直接导致鉴定意见无效。鉴定意见的有效性取决于鉴定过程是否合法、鉴定方法是否科学、鉴定结论是否合理。如果鉴定意见存在疑问或瑕疵，当事人可以申请补充鉴定或重新鉴定。如果您在医疗医患（事故责任及赔偿）领域遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。