核心结论：针对甲方提供发票乙方不抵扣的情况，需分情况处理，具体如下：

1. 若乙方因自身原因不抵扣
   若乙方因自身业务规划、税务筹划或操作失误等原因，主动选择不抵扣甲方提供的合法有效发票，需注意以下两点：

   • 税务合规性：乙方不抵扣发票本身不违反法律规定，但需确保发票真实、合法（如发票内容与实际交易一致、开票方与甲方一致等）。若发票存在瑕疵（如虚开、伪造），乙方可能面临税务机关的处罚。
     
   • 成本承担：不抵扣会导致乙方无法将进项税额从销项税额中扣除，从而增加增值税税负。若双方合同未约定发票抵扣相关条款，乙方需自行承担该部分成本；若合同有约定（如甲方承诺乙方可抵扣），乙方可要求甲方承担因不抵扣导致的额外税负或调整合同价款。

2. 若因甲方原因导致乙方无法抵扣
   若甲方提供的发票存在瑕疵（如发票信息错误、未按时开具、发票类型不符等），导致乙方无法抵扣，乙方可采取以下措施：

   • 要求甲方重新开具：根据《增值税暂行条例》及实施细则，甲方有义务提供合法有效的发票。乙方可要求甲方重新开具符合抵扣条件的发票，并明确重新开具的期限。
     
   • 主张违约责任：若因甲方原因导致乙方无法抵扣且造成损失（如多缴纳增值税、无法享受税收优惠等），乙方可依据合同约定或《民法典》中关于违约责任的规定，要求甲方赔偿损失。赔偿范围包括但不限于：多缴纳的税款、滞纳金、罚款及因无法抵扣导致的其他直接经济损失。
     
   • 税务举报：若甲方存在故意虚开发票、伪造发票等违法行为，乙方可向税务机关举报，由税务机关依法查处。

3. 若双方对发票抵扣存在争议
   若双方对发票是否可抵扣、责任归属等问题存在争议，可采取以下方式解决：

   • 协商解决：双方可就争议事项进行协商，达成一致后签订补充协议，明确各自的权利义务。
     
   • 调解或仲裁：若协商不成，可依据合同中的争议解决条款，申请调解或提交仲裁机构裁决。
     
   • 诉讼：若合同未约定争议解决方式或调解、仲裁未果，乙方可向法院提起诉讼，要求甲方承担相应责任。

建议：为避免类似纠纷，建议双方在合同中明确约定发票开具、抵扣及违约责任等条款，并在交易过程中保持沟通，确保发票的合法性和有效性。若您遇到具体问题，可直接向我咨询，我将结合实际情况为您提供详细解答。