结论：在合同中约定了仲裁条款，但补充协议又约定法院诉讼的情况下，能否向法院起诉需视具体情况而定。一般来说，若原仲裁条款有效且未被明确放弃，则应优先通过仲裁解决争议；若仲裁条款存在无效情形或双方通过补充协议变更了争议解决方式，则可能可以向法院起诉。
一、原仲裁条款有效且未被明确放弃的情况
仲裁协议的效力：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，有效的仲裁协议具有排除法院管辖的效力。这意味着，如果合同中的仲裁条款有效，且双方未通过补充协议明确放弃仲裁而选择诉讼，那么当事人应当遵守仲裁条款的约定，将争议提交给约定的仲裁机构进行仲裁。
法律后果：
- 如果一方违反仲裁协议向法院起诉，而另一方在法院首次开庭前提交仲裁协议的，法院应当驳回原告的起诉。这是因为仲裁协议是双方自愿达成的，具有法律约束力，法院应尊重当事人的意思自治。
二、仲裁条款存在无效情形或双方通过补充协议变更争议解决方式的情况
仲裁条款无效的情形：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第十七条的规定，仲裁协议在以下情形下无效：约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围的；无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议；一方采取胁迫手段，迫使对方订立仲裁协议的。
- 此外，如果仲裁协议对仲裁事项或者仲裁委员会没有约定或者约定不明确，且当事人无法达成补充协议，那么该仲裁条款也视为无效。
补充协议变更争议解决方式：
- 如果双方在补充协议中明确约定了通过法院诉讼解决争议，且该补充协议不违反法律法规的强制性规定，那么可以视为双方对原仲裁条款的变更或放弃。在这种情况下，当事人可以向法院提起诉讼来解决争议。
法律后果：
- 当仲裁条款无效或双方通过补充协议变更了争议解决方式时，当事人可以向法院提起诉讼。法院在审查相关证据和法律规定后，会决定是否受理该案件并进行审理。
三、实际操作中的建议
仔细审查合同条款：
- 在签订合同时，当事人应仔细审查合同中的仲裁条款和补充协议，确保条款内容明确、合法有效。如果发现条款存在模糊或不明确的地方，应及时与对方协商并达成补充协议。
尊重仲裁协议的效力：
- 如果合同中的仲裁条款有效且双方未通过补充协议变更争议解决方式，那么当事人应尊重仲裁协议的效力，通过仲裁方式解决争议。这有助于维护合同的稳定性和当事人的合法权益。
及时寻求法律帮助：
- 如果当事人对合同中的仲裁条款或补充协议存在疑问或争议，应及时寻求专业律师的法律帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见和建议，帮助当事人维护自身权益。
总结来说，在合同中约定了仲裁条款但补充协议又约定法院诉讼的情况下，能否向法院起诉需视具体情况而定。如果原仲裁条款有效且未被明确放弃，则应优先通过仲裁解决争议；如果仲裁条款存在无效情形或双方通过补充协议变更了争议解决方式，则可能可以向法院起诉。因此，在处理此类问题时，当事人应仔细审查合同条款并尊重仲裁协议的效力，必要时及时寻求法律帮助。