结论：政府采购招标文件和投标文件未约定的条款，在合同中是可以进行约定或修改的，但需遵循一定的原则和程序，且不得违反法律法规的强制性规定。
分析说明：
合同自由原则：
- 根据合同法的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，合同的内容由当事人约定。因此，在政府采购合同中，如果招标文件和投标文件未对某些条款进行约定，双方完全有权在合同中自行约定或修改这些条款。
遵循法定程序：
- 虽然合同内容可以由双方约定，但政府采购合同作为特殊的合同类型，其签订和履行还需遵循政府采购法的相关规定。例如，合同的签订需经过法定的采购程序，包括招标、投标、评标、定标等环节。在合同签订后，如果需要对合同内容进行修改或补充，也需按照法定程序进行，如签订补充协议等。
不得违反法律法规的强制性规定：
- 无论招标文件、投标文件还是合同，都不得违反法律法规的强制性规定。如果合同中的某些条款违反了法律法规的强制性规定，那么这些条款将是无效的。因此，在约定或修改合同条款时，必须确保这些条款不违反法律法规的强制性规定。
公平、公正、公开原则：
- 政府采购活动应当遵循公平、公正、公开的原则。在约定或修改合同条款时，也应确保这些条款符合这一原则，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。
实际操作建议：
- 详细审查招标文件和投标文件：在签订合同前，应详细审查招标文件和投标文件，确保对合同的主要条款有清晰的认识和理解。
- 明确约定合同条款：对于招标文件和投标文件中未约定的条款，应在合同中明确约定，以避免后续争议。
- 遵循法定程序签订和修改合同：在签订和修改合同时，应遵循政府采购法的相关规定，确保合同的合法性和有效性。
- 咨询专业律师：在约定或修改合同条款时，如有疑问或不确定之处，建议咨询专业律师，以确保合同的合法性和合规性。
法律后果：
- 如果合同中的某些条款违反了法律法规的强制性规定或政府采购法的相关规定，那么这些条款将是无效的，且可能面临法律责任。
- 如果因合同条款约定不明或存在争议而导致合同无法履行或产生纠纷，双方可能需要通过法律途径解决争议，这将增加双方的成本和风险。
因此，在政府采购合同中约定或修改未约定的条款时，应谨慎行事，确保合同的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。