招标文件约定不合规的内容，在合同中是否可以改动需分情况讨论：

一、非实质性内容可协商调整

在招标投标过程中，如果发现招标文件中的合同条款存在不合理之处，但这些条款并不属于合同的实质性内容，那么在中标后签订合同时，双方是可以通过协商一致进行调整的。非实质性内容通常指的是那些不影响合同双方主要权利和义务，或者对合同履行影响较小的条款。例如，一些技术细节、辅助性服务条款等，这些条款的调整通常不会对合同的本质产生重大影响。

二、实质性内容不可调整

然而，如果招标文件中的不合规内容属于合同的实质性条款，那么在中标后签订合同时，这些条款是不可调整的。根据《招标投标法》的相关规定，招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。合同的实质性条款是合同的核心内容，直接关系到双方当事人的利益和交易的公平性。这些条款包括但不限于：

1. 合同标的：即当事人双方权利义务共同指向的对象，是合同成立的必要条件。
2. 数量和质量：数量和质量是确定合同标的的具体条件，是判断合同履行的依据。
3. 价款或报酬：价款或报酬是取得合同标的的对价，是衡量合同当事人权利义务多少的标准。
4. 履行期限、地点和方式：这些条款决定了合同当事人的义务何时、何地、以何种方式履行。
5. 违约责任：违约责任是合同当事人不履行或不适当履行合同时所应承担的法律责任。
6. 解决争议的方法：解决争议的方法指合同争议的解决途径和方式，包括协商、仲裁或诉讼等。

如果招标文件中的这些实质性条款存在不合规之处，投标人应在指定期限内对招标文件中的合同文本明显不合理条款提出异议要求修改。一旦超出异议期，即丧失了对招标文件提出修改的建议权。

三、实际操作建议

1. 仔细审查招标文件：在拿到招标文件后，投标人应第一时间对合同实质性条款做详细审查，确保没有遗漏或误解。
2. 及时提出异议：如果发现招标文件中的合同条款存在不合理之处，且属于实质性内容，投标人应在指定期限内及时提出异议，要求招标方进行修改或澄清补充。
3. 协商调整非实质性内容：对于非实质性内容的不合理之处，双方可以在中标后签订合同时通过协商一致进行调整，以确保合同的公平性和可执行性。

总结来看，招标文件约定不合规的内容在合同中是否可以改动，取决于这些内容是否属于合同的实质性条款。对于非实质性内容，双方可以通过协商一致进行调整；而对于实质性内容，则必须严格遵守招标文件的规定，不得擅自改动。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。