工程招标文件的通用合同条款在一定条件下是可以修改的，但这种修改必须严格遵循法律法规和程序要求。以下是对此问题的详细分析：
一、可修改的情况及程序
招标过程中的修改：
- 招标人有权对招标文件中的合同条款进行必要的澄清或者修改，但必须在规定的时间内以书面形式通知所有获取招标文件的潜在投标人。根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第二十一条，澄清或修改的内容若可能影响资格预审申请文件或者投标文件编制的，招标人应当在提交资格预审申请文件截止时间至少3日前，或者投标截止时间至少15日前，以书面形式通知；不足3日或者15日的，招标人应当顺延提交资格预审申请文件或者投标文件的截止时间。
非实质性条款的修改：
- 在中标后签订合同时，对于非实质性条款（如文件交付格式、具体工作联络方式等），双方经协商一致可以进行修改。这种修改不得损害其他投标人的权益以及招标的公正性和合法性。
双方协商一致的修改：
- 在招标过程中或中标后，如果招标人和投标人（或中标人）双方经协商一致，并且这种更改不违反法律法规的强制性规定，可以对合同条款进行更改。更改需以书面形式进行，并确保所有相关方收到更改通知。
二、不可修改的情况
- 中标后合同签订阶段的实质性条款：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条，招标人和中标人应按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。实质性条款（如合同标的、价款、质量、履行期限等）在中标后是不允许更改的。
三、修改合同条款的注意事项
合法合规：
- 修改合同条款时，必须严格遵守相关法律法规和招标程序的要求，确保修改的合法性和有效性。不得通过修改条款来规避法定的工程质量标准或安全责任等强制性规定。
公平、公正、诚实信用：
- 双方应遵循公平、公正、诚实信用的原则进行协商和修改，不得损害任何一方的合法权益。修改应基于公平合理的原则，不得单方面增加一方的义务或减少其权利。
及时通知与确认：
- 修改后的合同条款应及时通知所有相关方，并确保各方对修改内容达成一致意见。对于涉及实质性内容的修改，更应谨慎处理，确保所有操作都符合法律法规的要求。
保留书面记录：
- 在协商和修改合同条款的过程中，应详细记录沟通内容和结果，并保留相关书面文件，以备后续可能出现的纠纷处理。这些书面记录是证明修改合法性和有效性的重要证据。
四、法律后果
如果未经合法程序擅自修改招标文件的通用合同条款，特别是实质性条款，可能会导致以下法律后果：
- 合同无效：违反法律法规强制性规定的修改条款可能被认定为无效，导致合同部分或全部无效。
- 行政处罚：招标人或投标人可能因违反招标投标法律法规而受到行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
- 民事赔偿：因擅自修改合同条款给对方造成损失的，应承担相应的民事赔偿责任。
总结与建议：
工程招标文件的通用合同条款在一定条件下是可以修改的，但必须遵循严格的程序和法律规定。在进行合同条款修改时，务必谨慎处理，确保所有操作都符合法律法规的要求。如果您在修改合同条款过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。