核心结论：父亲公司和儿子作为两家公司的股东，这一情况本身并不违法，但可能涉及关联关系、利益冲突、税务合规及公司治理等多方面问题，需根据具体情形采取相应措施。以下分情况说明：

1. 关联关系认定与合规性
   根据《公司法》及《企业会计准则》，若父亲公司与儿子公司之间存在直接或间接控制关系（如持股比例超过50%）、重大影响（如持股20%-50%且能参与决策），或同受第三方控制（如实际控制人均为家族成员），则两家公司构成关联方。此时需注意：

   • 交易合规性：关联方之间的交易（如采购、销售、资金拆借）需符合市场公允价格，否则可能被认定为利益输送，损害公司或其他股东利益，甚至引发税务稽查（如增值税、企业所得税调整）。
     
   • 信息披露义务：若两家公司均为上市公司或拟上市公司，需按《证券法》及交易所规则披露关联关系及交易，否则可能面临监管处罚。
     

2. 利益冲突与治理风险

   • 股东权利行使：若父亲或儿子在两家公司均担任董事、高管等职务，需避免在决策中偏袒一方，否则可能违反《公司法》第148条规定的忠实义务，需对受损公司承担赔偿责任。
     
   • 同业竞争限制：若两家公司业务相同或类似，可能构成同业竞争，违反《公司法》第148条关于“竞业禁止”的规定（尤其针对董事、高管），或影响公司上市审核（如IPO时需清理同业竞争）。
     

3. 税务筹划与风险

   • 关联交易定价：税务机关可能对关联交易定价进行特别纳税调整，若定价不合理（如高价采购、低价销售），需补缴税款及滞纳金。
     
   • 分红税务处理：若两家公司均为居民企业，分红免征企业所得税；但若涉及境外公司或非居民企业，可能需缴纳预提所得税，需提前规划税务架构。
     

4. 实务建议

   • 完善公司治理：通过章程或协议明确股东权利义务，避免利益冲突；若担任董事、高管，需签署《竞业禁止协议》并履行披露义务。
     
   • 规范关联交易：保留交易合同、发票、付款凭证等证据，证明定价公允；重大交易可提前咨询税务机关或聘请第三方评估机构出具报告。
     
   • 家族企业传承规划：若涉及家族企业，可通过股权架构设计（如设立家族信托、控股公司）隔离风险，或通过协议约定股权传承方式，避免后续纠纷。
     

总结：父亲公司与儿子公司互为股东的情形需结合具体关系（如控制权、业务重叠）、交易性质（如关联交易、同业竞争）及税务身份（如居民企业、非居民企业）综合判断风险。建议根据实际情况梳理关联关系，规范交易流程，并提前咨询专业律师或税务师制定合规方案。如有进一步问题，可直接向我提问。