办理施工许可证是否需要缴纳农民工保证金，这个问题并不能一概而论，而是要根据当地的具体政策和规定来判断。

从法律层面来看，《中华人民共和国建筑法》第七条主要关注的是工程的安全性、合规性以及建设单位的资质，并没有直接要求办理施工许可证时必须缴纳农民工保证金。然而，在实际操作中，为了保障农民工的权益，确保他们的工资能够按时足额发放，许多地方政府或相关部门会出台地方性政策，将缴纳农民工保证金作为申请施工许可证的一个前置条件。

农民工保证金的作用主要是作为一种保障制度，它专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。如果施工单位拖欠了农民工的工资，这笔保证金就可以用来支付，从而保障农民工的合法权益。根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，施工总承包单位需要按照有关规定存储工资保证金，并且这个保证金可以用金融机构保函来替代。同时，条例还规定了工资保证金的差异化存储办法，对信用良好的单位实行减免措施，对发生工资拖欠的单位则适当提高存储比例。

在某些特殊情况下，政府可能会根据实际情况对农民工保证金政策进行调整。比如，对于政府重点扶持的民生项目或者抢险救灾等特殊工程项目，可能会有减免或缓缴保证金的政策。另外，对于信用良好的施工企业，也可能会享受工资保证金的减免措施。

如果当地政策要求缴纳农民工保证金，那么通常的缴纳方式是由施工单位在工程所在地建设行政主管部门指定的银行开设专门账户，并按工程合同价款的一定比例（通常是2%到5%，具体比例依地方政策而定）将保证金存入该账户。工程竣工后，如果没有拖欠农民工工资等情况，经过相关部门的核实，施工单位就可以申请退还保证金及其产生的利息。

因此，我建议建设单位在开工前，一定要充分了解并遵守当地的相关政策和规定，以确保工程的顺利进行和农民工权益的保障。如果有任何疑问或需要进一步的指导，建议咨询当地的建设行政主管部门或专业律师，以获取准确的信息和专业的建议。