当遇到施工单位不配合工程验收结算的情况时，作为建设单位或相关方，您可以按照以下清晰、详细且具有深度的步骤来处理这一问题，以确保自身权益得到充分保障：
一、明确法律依据与合同条款
首先，您需要详细查阅与施工单位签订的《建设工程施工合同》，特别关注以下几个关键条款：
- 结算期限：合同中应明确规定了施工单位提交结算报告的具体时间节点，如工程竣工验收合格后的一定天数内。这是判断施工单位是否违约的重要依据。
- 付款条件：了解合同中关于工程款支付的相关规定，包括预付款、进度款和尾款的支付条件和比例，以便在后续处理中准确把握付款节奏。
- 违约责任：明确施工单位未按时提交结算报告或未配合结算应承担的违约责任，包括可能支付的违约金、赔偿损失等。
- 争议解决：熟悉合同中约定的争议解决方式，如仲裁或诉讼，以及相应的管辖机构，为可能的法律程序做好准备。
二、书面催告与沟通协商
发送书面催告函：
- 向施工单位发送正式的书面催告函，明确指出合同中约定的结算申报时间已过期，要求施工单位在限定的合理期限内（如15个工作日内）提交完整的结算资料。
- 催告函应通过可靠方式送达，如邮政特快专递（EMS），并在快递单上注明函件内容，保留好快递底单和物流签收记录作为证据。
友好沟通与协商：
- 在发出催告函后，积极与施工单位进行沟通，了解其不配合结算的具体原因，如是否存在争议、资料不全等。
- 尝试通过友好协商解决问题，可以组织双方参加的结算协商会议，形成会议纪要，记录协商过程和双方达成的共识。
三、采取法律手段
如果施工单位经催告和协商后仍不配合结算，您可以依次采取以下法律手段：
委托律师发律师函：
- 委托专业律师向施工单位发送律师函，进一步阐述其不配合结算的违约性质以及可能面临的法律后果，督促其尽快履行结算义务。
提起诉讼或仲裁：
- 若施工单位依旧无动于衷，您可以根据合同中的争议解决条款，向有管辖权的人民法院提起诉讼或向约定的仲裁机构申请仲裁。
- 在诉讼或仲裁过程中，您可以申请对工程造价进行司法鉴定，由专业的鉴定机构根据工程实际情况确定工程造价，作为结算的依据。
四、证据收集与保存
在整个处理过程中，您应特别注意收集和保存与工程建设、结算相关的各类证据材料，包括但不限于：
- 合同文件及其附件
- 施工过程中的往来函件、电子邮件
- 工程变更通知、竣工验收报告
- 催告函、律师函及送达凭证
- 会议纪要、谈判记录等
这些证据将在后续可能的法律程序中发挥重要作用，有助于您维护自身权益。
五、预防与改进
为避免类似问题再次发生，您应在未来的合同中更加明确地约定结算流程、时间节点以及违约责任等关键条款。同时，加强合同管理，确保双方权益得到充分保障。例如，可以在合同中增加对施工单位不配合结算的惩罚性条款，或者约定在特定情况下建设单位有权单方面进行结算并扣除相应费用。
综上所述，当施工单位不配合工程验收结算时，您应依据合同条款和法律规定，通过书面催告、沟通协商、法律手段等多种方式维护自身权益，并确保在处理过程中做好证据收集与保存工作。同时，也应注重合同的预防与改进，以避免类似问题的再次发生。