法院是否会认定被告主张的债务已与第三方抵消，需视具体情况而定，关键在于被告能否提供充分证据证明抵消事实的存在及合法性。以下从不同角度进行分析：
一、法律背景与原则
在债务债权关系中，债务抵消是一种常见的债务消灭方式。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人互负债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的到期债务抵消；但是，根据债务性质、按照当事人约定或者依照法律规定不得抵消的除外。若涉及与第三方抵消，则需考虑是否存在合法的债权转让或债务承担等情形，以及是否符合法律规定的抵消条件。
二、被告主张抵消的举证责任
证据充分性：被告主张原、被告之间的债务已与第三方抵消，首先需承担举证责任，提供充分证据证明抵消事实的存在。这包括但不限于与第三方的协议、转账记录、书面确认函等，以证明被告与第三方之间确实存在债权债务关系，并且该关系已经通过抵消方式得到解决。
证据合法性：除了证据充分性外，被告还需证明其提供的证据具有合法性。即，抵消行为不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗，且不得损害国家、集体或第三人的利益。
三、原告不认可的影响
若原告对被告主张的抵消事实不认可，法院将进行审查。审查过程中，法院将综合考虑双方提供的证据、陈述及法律规定，以判断抵消事实是否成立。若被告无法提供充分、合法的证据证明抵消事实，法院将不予认定，并可能判决被告继续履行原债务。
四、可能的情况与后果
抵消事实成立：若被告能够提供充分、合法的证据证明抵消事实的存在及合法性，且原告无法提供相反证据予以反驳，法院将认定抵消事实成立，原、被告之间的债务关系因此消灭。
抵消事实不成立：若被告无法提供充分、合法的证据证明抵消事实，或原告能够提供相反证据证明抵消事实不成立，法院将不予认定抵消，并可能判决被告继续履行原债务，同时可能承担因违约而产生的法律责任。
五、建议与行动
对于被告：若主张债务已与第三方抵消，应尽快收集并整理相关证据，确保证据的充分性和合法性。在诉讼过程中，积极配合法院的审查工作，提供必要的协助和说明。
对于原告：若对被告主张的抵消事实不认可，应积极收集并整理相反证据，以证明抵消事实不成立。同时，关注被告提供的证据，及时提出异议和反驳意见。
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