在债权转让后，法院确认双方债权抵消的问题，主要依据的是债务人是否满足行使抵销权的法定条件。以下是对此问题的详细解答：
一、抵销权的行使条件
主动债权的存在：
- 债务人必须对受让人（即新债权人）享有合法有效的债权，这被称为“主动债权”。例如，若原债权人甲欠债务人乙10万元，但乙此前曾向甲借款5万元且未偿还，那么乙对甲的这5万元债权就可以作为主动债权。
债权债务的同种类性：
- 主动债权与转让后的被动债权必须是同种类的债务。这通常意味着两者都是金钱之债，或者是可以相互替代的标的物（如种类物）。在上述例子中，甲乙双方的债务都是金钱之债，因此满足同种类性的条件。
履行期均已届至：
- 主动债权和被动债权的履行期限都必须已经到期。如果主动债权尚未到期，债务人就不能主张抵销。例如，如果乙的5万元借款约定于2024年1月还款，而甲的10万元债权于2023年12月到期，那么在2023年12月时，乙就无法主张抵销。
非禁止抵销的情形：
- 法律明确排除了一些不得抵销的情形，包括按性质不可抵销的债务（如抚养费、抚恤金）、法律规定或当事人约定不得抵销的债务，以及因故意侵权行为产生的债务。
二、法律依据
根据《中华人民共和国民法典》第五百四十九条的规定：“债务人接到债权转让通知时，债务人对让与人享有债权，并且债务人的债权先于转让的债权到期或者同时到期的，债务人可以向受让人主张抵销。”这一条款为债务人行使抵销权提供了明确的法律依据。
三、法院确认债权抵消的流程
债务人提出抵销主张：
- 在接到债权转让通知后，债务人如果认为自己满足行使抵销权的条件，可以向受让人提出抵销主张。
法院审查抵销条件：
- 如果双方对抵销存在争议，债务人可以向法院提起诉讼，请求法院确认抵销的有效性。法院会审查债务人是否满足上述行使抵销权的条件。
法院作出判决：
- 如果法院认为债务人满足行使抵销权的条件，就会判决确认双方债权的抵消，并确定抵消后的债务金额。
四、实务建议
债务人注意事项：
- 债务人在接到债权转让通知后，应及时审查自身对原债权人的债权状况，确认是否满足行使抵销权的条件。
- 如果满足条件，债务人应在合理期限内主张抵销，避免逾期失权。
受让人注意事项：
- 受让人在受让债权前，应进行尽职调查，确认是否存在可抵销的债务。
- 受让人可以要求转让人提供书面承诺，保证其转让的债权无瑕疵，包括不存在可抵销的债务。
综上所述，债权转让后，法院确认双方债权抵消主要依据的是债务人是否满足行使抵销权的法定条件。各方在交易中应充分关注潜在风险，通过合同条款或法律程序保障自身权益。