针对您提出的“公司员工病假超过六个月单位如何处理”的问题，以下是根据相关法律法规及上海市的具体规定，给出的详细解答：

首先，我们需要明确的是，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，根据其实际参加工作年限和在本单位的工作年限，会给予一定期限的医疗期。具体来说：

1. 医疗期的确定：

   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，实际工作年限十年以下的员工，在本单位工作年限五年以下的医疗期为三个月，五年以上的为六个月。
   • 实际工作年限十年以上的员工，医疗期则根据在本单位的工作年限进一步细分，最长可达二十四个月。
   • 同时，上海市也有类似规定，医疗期按照劳动者在本用人单位的工作年限设置，第1年为3个月，以后每满1年增加1个月，但不超过24个月。

2. 病假工资的支付：

   • 当员工疾病或非因工负伤连续休假在6个月以内时，企业应按一定标准支付疾病休假工资。具体标准根据员工的连续工龄来确定，如连续工龄满8年及以上的，按本人工资的100%计发。
   • 当员工疾病或非因工负伤连续休假超过6个月时，企业支付的病假工资标准会有所调整。根据上海市的规定，连续工龄满3年及以上的员工，按本人工资的60%计发。同时，如果员工的病假待遇高于本市上年度月平均工资的，可按本市上年度月平均工资计发。

3. 单位处理方式：

   • 当员工病假超过六个月时，单位应继续按照上述规定支付病假工资。
   • 单位还应关注员工的健康状况，提供必要的帮助和支持，如协助员工申请医疗期延长（如果符合相关规定）、提供康复建议等。
   • 如果员工在医疗期满后仍不能从事原工作，也不能从事由单位另行安排的工作的，单位可以根据《劳动合同法》的相关规定，与员工解除劳动合同，但需要支付相应的经济补偿。

4. 争议解决：

   • 如果员工对病假工资或单位的其他处理方式存在争议，可以向劳动人事争议仲裁机构申请仲裁，以维护自己的合法权益。

综上所述，当公司员工病假超过六个月时，单位应按照相关法律法规和上海市的具体规定，继续支付病假工资，并关注员工的健康状况和提供必要的帮助。如果员工在医疗期满后仍不能从事工作，单位可以根据法律规定与员工解除劳动合同，并支付相应的经济补偿。如有任何争议，员工可以通过法律途径来维护自己的权益。